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- PDB-1z9x: Human DRP-1 kinase, W305S S308A D40 mutant, crystal form with 3 m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z9x
タイトルHuman DRP-1 kinase, W305S S308A D40 mutant, crystal form with 3 monomers in the asymmetric unit
要素Death-associated protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / autoinhibitory helix / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of eosinophil chemotaxis / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of neutrophil chemotaxis / anoikis / regulation of autophagy / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation ...autophagosome lumen / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of eosinophil chemotaxis / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / positive regulation of neutrophil chemotaxis / anoikis / regulation of autophagy / cytoplasmic vesicle / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Golgi apparatus / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Death-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Kursula, P. / Lehmann, F. / Shani, G. / Kimchi, A. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A structural insight into the double-locking mechanism of the human death-associated DRP-1 kinase
著者: Kursula, P. / Lehmann, F. / Shani, G. / Kimchi, A. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Death-associated protein kinase 2
B: Death-associated protein kinase 2
C: Death-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1543
ポリマ－111,1543
非ポリマー00
水00
1
A: Death-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0511
ポリマ－37,0511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Death-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0511
ポリマ－37,0511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Death-associated protein kinase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0511
ポリマ－37,0511
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.400, 62.990, 150.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLULEULEUAA2 - 953 - 96
21GLUGLULEULEUBB2 - 953 - 96
31GLUGLULEULEUCC2 - 953 - 96
12VALVALARGARGAA96 - 30497 - 305
22VALVALARGARGBB96 - 30497 - 305
32VALVALARGARGCC96 - 30497 - 305

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Death-associated protein kinase 2 / DAP kinase 2 / DAP- kinase related protein 1 / DRP-1


分子量: 37051.371 Da / 分子数: 3 / 断片: Residues 1-320 / 変異: S308A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAPK2 / プラスミド: pDEST-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / キーワード: D40 / 参照: UniProt: Q9UIK4, EC: 2.7.1.37

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 14 % PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.93→20 Å / Num. all: 9532 / Num. obs: 9532 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 89 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 3.93→4 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 380 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 79.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1SXO

1sxo
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.93→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.755 / SU B: 243.388 / SU ML: 1.535 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 1.297 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35074 474 5 %RANDOM
Rwork0.32849 ---
all0.32956 9470 --
obs0.32956 9470 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 103.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.66 Å20 Å2-2.17 Å2
2--13.24 Å20 Å2
3----3.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.93→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7407 0 0 0 7407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0227554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8921.96310191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2985906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5224.252381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.855151410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4671554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.23100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.25181
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0950.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.6250.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4740.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0211.54703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.03427359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.05233192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.0824.52832
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A775tight positional0.020.05
12B775tight positional0.020.05
13C775tight positional0.040.05
21A1695tight positional0.020.05
22B1695tight positional0.020.05
23C1695tight positional0.030.05
11A775tight thermal0.010.5
12B775tight thermal0.010.5
13C775tight thermal0.010.5
21A1695tight thermal0.010.5
22B1695tight thermal0.010.5
23C1695tight thermal0.010.5
LS精密化 シェル解像度: 3.93→4.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 30 -
Rwork0.356 570 -
obs--86.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.3239-0.44290.33737.4425-1.87315.57250.10550.1790.48850.7170.07520.2012-0.36370.7328-0.1807-0.5650.1924-0.0496-0.2802-0.0717-0.94270.7219-0.064723.4979
24.92040.09291.36796.5763-1.33458.15120.04490.27910.21940.9940.11460.27410.1037-0.5939-0.1595-0.60440.13030.0761-0.05140.0348-0.477395.30248.150623.2078
34.22210.4113-0.4137.2298-0.85099.70790.2579-0.5317-0.65020.2955-0.4697-0.24330.83910.0430.2118-0.58780.24840.0847-1.2867-0.0906-0.463883.18626.96165.6757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 3043 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 3043 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 3043 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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