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万見
- PDB-1z9h: Microsomal prostaglandin E synthase type-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z9h
タイトルMicrosomal prostaglandin E synthase type-2
要素membrane-associated prostaglandin E synthase-2
キーワードISOMERASE / Membran associated protein / Prostaglandin E synthase / Indomethacin
機能・相同性
機能・相同性情報


12-hydroxyheptadecatrienoic acid synthase activity / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / glutathione binding / prostaglandin biosynthetic process / lyase activity / Golgi membrane / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #30 / Prostaglandin E synthase 2 / Prostaglandin E synthase 2, C-terminal / Defensin A-like / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Other non-globular / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 ...Defensin A-like - #30 / Prostaglandin E synthase 2 / Prostaglandin E synthase 2, C-terminal / Defensin A-like / Glutaredoxin active site. / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Other non-globular / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Special / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / INDOMETHACIN / Prostaglandin E synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yamada, T. / Komoto, J. / Watanabe, K. / Ohmiya, Y. / Takusagawa, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure and Possible Catalytic Mechanism of Microsomal Prostaglandin E Synthase Type 2 (mPGES-2).
著者: Yamada, T. / Komoto, J. / Watanabe, K. / Ohmiya, Y. / Takusagawa, F.
履歴
登録2005年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
B: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
C: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
D: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,40816
ポリマ－132,5994
非ポリマー1,80912
水1,58588
1
A: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
B: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2048
ポリマ－66,3002
非ポリマー9056
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
2
C: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
D: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2048
ポリマ－66,3002
非ポリマー9056
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23870 Å2
手法PISA
3
A: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
B: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
C: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
D: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
ヘテロ分子

A: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
B: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
C: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
D: membrane-associated prostaglandin E synthase-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,81732
ポリマ－265,1988
非ポリマー3,61824
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area26250 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area89160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.24, 122.83, 111.53
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 110.6, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
membrane-associated prostaglandin E synthase-2


分子量: 33149.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
組織: brain / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9N0A4, prostaglandin-E synthase
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-IMN / INDOMETHACIN / インドメタシン


分子量: 357.788 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClNO4 / コメント: 薬剤, 抗炎症剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Ammonia sulfate, sodium acetate, indomethacin, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.99108 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年8月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99108 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 47852 / Num. obs: 47852 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APS19BMデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.251 4812 RANDOM
Rwork0.214 --
all0.215 47852 -
obs0.215 47852 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8856 0 120 88 9064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d12.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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