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万見
- PDB-1z9d: Crystal structure of a putative uridylate kinase (UMP-kinase) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z9d
タイトルCrystal structure of a putative uridylate kinase (UMP-kinase) from Streptococcus pyogenes
要素uridylate kinase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / NYSGXRC / T1668 / pyrH / putative uridylate kinase / UMP-kinase / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, bacteria / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD aided by molecular replacement / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rajashankar, K.R. / Kniewel, R. / Lee, K. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative uridylate kinase (UMP-kinase) from Streptococcus pyogenes
著者: Rajashankar, K.R. / Kniewel, R. / Lee, K. / Lima, C.D.
履歴
登録2005年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_biol
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uridylate kinase
B: uridylate kinase
C: uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,68812
ポリマ－82,8233
非ポリマー8659
水1,58588
1
A: uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9925
ポリマ－27,6081
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8964
ポリマ－27,6081
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8003
ポリマ－27,6081
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: uridylate kinase
B: uridylate kinase
C: uridylate kinase
ヘテロ分子

A: uridylate kinase
B: uridylate kinase
C: uridylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,37624
ポリマ－165,6476
非ポリマー1,72918
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area18210 Å2
ΔGint-380 kcal/mol
Surface area53420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)161.288, 57.309, 94.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212
詳細UMP-Kinase from B. subtilis has a sequence identity of 40% to T1668 and is known to exist as a hexamer (a trimer of dimers). This fact has been experimentally tested via Gel filtration(C. Gagyi et. al. Eur. J. Biochem. 270, 3196-3204). However biologically active species are monomers. The hexamer can be generated by symmetry operation -X+1,-Y,Z.

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要素

#1: タンパク質 uridylate kinase / E.C.2.7.4.- / UK / Uridine monophosphate kinase / UMP kinase


分子量: 27607.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: pyrH / プラスミド: PET T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834, DE3
参照: UniProt: P65938, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; リン酸基に移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.15M Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月26日 / 詳細: Diamond monochromator and downstream mirror
放射モノクロメーター: Flat Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 38306 / Num. obs: 38306 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.04 % / Biso Wilson estimate: 59.5 Å2 / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 3849 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 92.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: SAD aided by molecular replacement / 解像度: 2.8→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 222033.22 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: A molecular replacement solution was obtained using a model derived from pdb entry 1YBD. MR phases were used to locate Se sites. Experimental phases were calculated using a Se-substructure ...詳細: A molecular replacement solution was obtained using a model derived from pdb entry 1YBD. MR phases were used to locate Se sites. Experimental phases were calculated using a Se-substructure containing 26 Se sites. Nine sulfate groups were located. Sulfates D4 - D9 mimic phosphate group of ATP at the ATP binding pocket.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1813 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.2151 35774 86.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.7658 Å2 / ksol: 0.318634 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.57 Å20 Å20 Å2
2--17.74 Å20 Å2
3----8.18 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5352 0 45 88 5485
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.111.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.272.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 275 5.4 %
Rwork0.352 4841 -
obs--74.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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