PDB-1z98: Crystal structure of the spinach aquaporin SoPIP2;1 in a closed c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z98

タイトル

Crystal structure of the spinach aquaporin SoPIP2;1 in a closed conformation

要素

aquaporin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / PIP / ALPHA-HELICAL / AQUAPORIN

機能・相同性

機能・相同性情報

water channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tornroth-Horsefield, S. / Hedfalk, K. / Johanson, U. / Karlsson, M. / Neutze, R. / Kjellbom, P.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structural mechanism of plant aquaporin gating
著者: Tornroth-Horsefield, S. / Wang, Y. / Hedfalk, K. / Johanson, U. / Karlsson, M. / Tajkhorshid, E. / Neutze, R. / Kjellbom, P.

履歴

登録	2005年4月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z98.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z98.ent.gz	86 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z98_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z98_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	1z98_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	1z98_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b5fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4jc6-1 3cn6-1 4jc6-2 3cn6-2 4ia4-d 3cn5-1 2b5f-d 1fqy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: aquaporin

M: aquaporin

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: aquaporin

ヘテロ分子

A: aquaporin

ヘテロ分子

A: aquaporin

ヘテロ分子

A: aquaporin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

M: aquaporin

ヘテロ分子

M: aquaporin

ヘテロ分子

M: aquaporin

ヘテロ分子

M: aquaporin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.097, 90.097, 189.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Cell setting	tetragonal
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1003- HOH
2	1	A-1087- HOH
3	1	M-2002- HOH
4	1	M-2088- HOH

#1: タンパク質	aquaporin 分子量: 29929.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q41372
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.8 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→81.65 Å / Num. all: 53842 / Num. obs: 41491 / % possible obs: 99.74 % / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 3.586 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20847	2196	5 %	RANDOM
R_work	0.18141	-	-	-
obs	0.1828	41486	99.74 %	-
all	-	53842	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.236 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3756	0	2	200	3958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3862
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.544	1.937	5266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.759	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.051	22	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.196	15	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.026	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	2025
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.272	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.523	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	169	-
R_work	0.236	3057	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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