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万見
- PDB-1z91: x-ray crystal structure of apo-OhrRC15S in reduced form: MarR fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z91
タイトルx-ray crystal structure of apo-OhrRC15S in reduced form: MarR family protein
要素Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / OhrR / MarR family / Bacterial transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to hydrogen peroxide / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hong, M. / Fuangthong, M. / Helmann, J.D. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Structure of an OhrR-ohrA Operator Complex Reveals the DNA Binding Mechanism of the MarR Family.
著者: Hong, M. / Fuangthong, M. / Helmann, J.D. / Brennan, R.G.
履歴
登録2005年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0101
ポリマ－17,0101
非ポリマー00
水64936
1
A: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator

A: Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0192
ポリマ－34,0192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area4990 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.355, 55.355, 77.242
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-178-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis

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要素

#1: タンパク質 Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator


分子量: 17009.727 Da / 分子数: 1 / 変異: C15S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ohrR / プラスミド: pET16x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: O34777
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30 to 33 % PEG 1450, 0.1 M ammonium acetate (or sodium acetate), and 0.1M sodium acetate, pH 4.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.9794
シンクロトロンALS 8.2.120.9794, 0.9184, 0.9796
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2003年7月1日
ADSC QUANTUM 2102CCD2003年9月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.91841
30.97961
反射解像度: 2.5→45.175 Å / Num. all: 7251 / Num. obs: 4532 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2
Reflection scaleGroup code: 1

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97947.59-8.25
13 wavelength20.91843.98-5.42
13 wavelength30.97964.4-15.52
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
19.84833.692.482SE601.06
229.82135.1537.742SE601.07
313.06130.230.717SE600.94
435.81510.3324.126SE601.11
518.89845.1977.194SE600.91
Phasing dm shell解像度: 3→500.01 Å / Delta phi final: 0.179 / FOM : 0.19 / 反射: 3007

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 4233231.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 482 10.7 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 4484 99.6 %-
all-4491 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.6333 Å2 / ksol: 0.359931 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5 Å20 Å20 Å2
2---3.5 Å20 Å2
3---7.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1101 0 0 36 1137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 77 10.7 %
Rwork0.295 640 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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