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万見
- PDB-1z8g: Crystal structure of the extracellular region of the transmembran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z8g
タイトルCrystal structure of the extracellular region of the transmembrane serine protease hepsin with covalently bound preferred substrate.
要素
  • ACE-LYS-GLN-LEU-ARG-Chloromethylketone
  • Serine protease hepsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE HEPSIN / PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hepsin / pilomotor reflex / Signaling by MST1 / positive regulation of thyroid hormone generation / cochlea morphogenesis / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / MET Receptor Activation ...hepsin / pilomotor reflex / Signaling by MST1 / positive regulation of thyroid hormone generation / cochlea morphogenesis / serine-type exopeptidase activity / positive regulation of plasminogen activation / basement membrane disassembly / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / MET Receptor Activation / response to thyroid hormone / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation by host of viral transcription / potassium ion transmembrane transport / serine-type peptidase activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / cell-cell junction / peptidase activity / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / cell surface / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Hepsin, SRCR domain / Hepsin, SRCR domain / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-6-ammonio-L-norleucyl-L-glutaminyl-N-[(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-(chloroacetyl)butyl]-L-leucinamide / Serine protease hepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Herter, S. / Piper, D.E. / Aaron, W. / Gabriele, T. / Cutler, G. / Cao, P. / Bhatt, A.S. / Choe, Y. / Craik, C.S. / Walker, N. ...Herter, S. / Piper, D.E. / Aaron, W. / Gabriele, T. / Cutler, G. / Cao, P. / Bhatt, A.S. / Choe, Y. / Craik, C.S. / Walker, N. / Meininger, D. / Hoey, T. / Austin, R.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: Hepatocyte growth factor is a preferred in vitro substrate for human hepsin, a membrane-anchored serine protease implicated in prostate and ovarian cancers
著者: Herter, S. / Piper, D.E. / Aaron, W. / Gabriele, T. / Cutler, G. / Cao, P. / Bhatt, A.S. / Choe, Y. / Craik, C.S. / Walker, N. / Meininger, D. / Hoey, T. / Austin, R.J.
履歴
登録2005年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 SEQUENCE RESIDUES 160-162 ARE DISORDERED. THIS PEPTIDE BOND CLEAVAGE OCCURS DURING THE ACTIVATION ... SEQUENCE RESIDUES 160-162 ARE DISORDERED. THIS PEPTIDE BOND CLEAVAGE OCCURS DURING THE ACTIVATION OF THE PROTEASE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease hepsin
L: ACE-LYS-GLN-LEU-ARG-Chloromethylketone


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0552
ポリマ－41,0552
非ポリマー00
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.705, 47.633, 67.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine protease hepsin / Transmembrane protease / serine 1


分子量: 40448.766 Da / 分子数: 1 / 変異: N112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPN, TMPRSS1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
参照: UniProt: P05981, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド ACE-LYS-GLN-LEU-ARG-Chloromethylketone


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 606.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED.
参照: N-acetyl-6-ammonio-L-norleucyl-L-glutaminyl-N-[(1S)-4-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-(chloroacetyl)butyl]-L-leucinamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR (CHAIN L) IS ACE-LYS-GLN-LEU-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON ...THE UNBOUND FORM OF THE INHIBITOR (CHAIN L) IS ACE-LYS-GLN-LEU-ARG-CHLOROMETHYLKETONE. UPON REACTION WITH PROTEIN IT FORMS TWO COVALENT BONDS: 1) A COVALENT BOND TO OG SER 353 FORMING A HEMIKETAL AR7 AND 2) A COVALENT BOND TO NE2 OF HIS 203. THE CHLORINE OF CHLOROMETHYLKETONE MOIETY 0QE IS LEAVING AS A RESULT OF THE FORMATION OF THE COVALENT BOND BETWEEN THE INHIBITOR AND THE PROTEIN.
配列の詳細THERE IS A CHAIN BREAK BETWEEN RESIDUES 162 AND 163 (RESIDUES 160-162 ARE DISORDERED). THIS PEPTIDE ...THERE IS A CHAIN BREAK BETWEEN RESIDUES 162 AND 163 (RESIDUES 160-162 ARE DISORDERED). THIS PEPTIDE BOND CLEAVAGE OCCURS DURING THE ACTIVATION OF THE PROTEASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 3350, ammonium fluoride, Na-cacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月6日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL OPTIC (GREEN)
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→23.9 Å / Num. all: 46843 / Num. obs: 46843 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 59.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EKB

1ekb


解像度: 1.55→23.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.217 2367 RANDOM
Rwork0.196 --
all0.198 46821 -
obs0.198 46821 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→23.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2829 0 0 461 3290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004315
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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