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- PDB-1z87: solution structure of the split PH-PDZ Supramodule of alpha-Syntrophin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z87
タイトルsolution structure of the split PH-PDZ Supramodule of alpha-Syntrophin
要素Alpha-1-syntrophin
キーワードPROTEIN BINDING / Alpha-1-syntrophin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vasoconstriction by circulating norepinephrine / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / anchoring junction / neuromuscular junction development / sarcolemma / actin binding / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / calmodulin binding / cytoskeleton ...regulation of vasoconstriction by circulating norepinephrine / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / anchoring junction / neuromuscular junction development / sarcolemma / actin binding / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / calmodulin binding / cytoskeleton / structural molecule activity / protein-containing complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Syntrophin, split Pleckstrin homology (PH) domain / PH domain / : / Syntrophin / Syntrophin C-terminal PH domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH-domain like / PH domain ...Syntrophin, split Pleckstrin homology (PH) domain / PH domain / : / Syntrophin / Syntrophin C-terminal PH domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PDZ domain / Pdz3 Domain / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1-syntrophin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yan, J. / Xu, W. / Wen, W. / Long, J.F. / Adams, M.E. / Froehner, S.C. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structure of the split PH domain and distinct lipid-binding properties of the PH-PDZ supramodule of alpha-syntrophin
著者: Yan, J. / Wen, W. / Xu, W. / Long, J.F. / Adams, M.E. / Froehner, S.C. / Zhang, M.
履歴
登録2005年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1-syntrophin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7161
ポリマ－27,7161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1-syntrophin / alpha-Syntrophin / 59 kDa dystrophin-associated protein A1 / acidic component 1 / Syntrophin 1


分子量: 27716.318 Da / 分子数: 1 / 断片: the PHN-PDZ-PHC tandem / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET32a(modified version) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q61234

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCO,HNCA, HN(CO)CA, HN(CA)CB, CBCA(CO)NH
1223D 15N-separated NOESY
1333D 13C-separated NOESY
1442D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin U-15N, 13C; 100mM potassium phosphate; 90% H2O,10% D2O90% H2O/10% D2O
21mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin U-15N; 100mM potassium phosphate; 90% H2O,10% D2O90% H2O/10% D2O
31mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin U-15N, 13C; 100mM potassium phosphate; 99.9% D2O99.9% D2O
41mM PHN-PDZ-PHC tandem of alpha1-syntrophin; 100mM potassium phosphate; 99.9% D2O99.9% D2O
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1 / 開発者: Bruger, A.T. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2924 restraints, 2600 are NOE-derived distance constraints, 184 dihedral angle restraints,140 distance restraints from hydrogen bonds. this ensemble ...詳細: the structures are based on a total of 2924 restraints, 2600 are NOE-derived distance constraints, 184 dihedral angle restraints,140 distance restraints from hydrogen bonds. this ensemble structure could not be superimposed because this protein fragment is a PH-PDZ tandem, and the linker is very flexible.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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