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- PDB-1z7x: X-ray structure of human ribonuclease inhibitor complexed with ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z7x
タイトルX-ray structure of human ribonuclease inhibitor complexed with ribonuclease I
要素
  • Ribonuclease I
  • Ribonuclease inhibitor
キーワードHydrolase/Hydrolase INHIBITOR / RIBONUCLEASE-INHIBITOR COMPLEX / LEUCINE-RICH REPEAT / ENZYME-INHIBITOR COMPLEX / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / Center for Eukaryotic Structural Genomics / Hydrolase-Hydrolase INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy ...ribonuclease inhibitor activity / angiogenin-PRI complex / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / regulation of angiogenesis / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / cell migration / lamellipodium / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe ...Ribonuclease inhibitor, leucine rich repeat cap / Capping Ribonuclease inhibitor Leucine Rich Repeat / : / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Johnson, R.J. / Raines, R.T. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / Allard, S.T.M. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Inhibition of human pancreatic ribonuclease by the human ribonuclease inhibitor protein.
著者: Johnson, R.J. / McCoy, J.G. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Raines, R.T.
履歴
登録2005年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月15日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD:AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Ribonuclease I
W: Ribonuclease inhibitor
Z: Ribonuclease I
Y: Ribonuclease inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,6865
ポリマ－129,4944
非ポリマー1921
水15,385854
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.338, 107.546, 155.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease I / RNase 1 / RNase A / RNase UpI-1 / RIB-1 / HP-RNase


分子量: 14728.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASE1, RIB1, RNS1 / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質 Ribonuclease inhibitor / Ribonuclease/angiogenin inhibitor / RAI / RNase inhibitor / RI


分子量: 50018.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNH, PRI / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13489
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.2
詳細: 10% MEPEG 2000, 0.020 M SODIUM CITRATE, 0.025 M DTT, 0.001 M AMMONIUM SULFATE, vapor diffusion, HANGING DROP, temperature 293K, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日
詳細: HORIZONTAL SAGITALLY FOCUSING 2ND BENT MONOCHROMATOR CRYSTAL, VERTICAL BENT FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED SI (220) DOUBLE BOUNCE
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.8 % / 数: 84446 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.019 / D res high: 1.95 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 97
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.815099.710.0340.8627.1
3.824.8110010.0491.0657.4
3.333.8210010.0561.0257.5
3.033.3310010.0631.0527.5
2.813.0310010.0841.0117.5
2.652.8110010.0991.057.5
2.512.6510010.1311.0557.5
2.42.5110010.161.0627.5
2.312.410010.2081.0627.5
2.232.3110010.2470.987.3
2.162.2310010.2841.0476.8
2.12.1699.610.3091.0626.1
2.052.196.610.3670.8515.2
22.0585.810.3991.0164.5
1.95272.610.4241.0373.6
反射解像度: 1.95→47.19 Å / Num. obs: 84446 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 16.964
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.939 / % possible all: 72.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.536 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.319
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å47.17 Å
Translation3 Å47.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DFJ

1dfj


解像度: 1.95→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.762 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 4225 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.178 80141 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8930 0 13 854 9797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0219064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.9912265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5851168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.13824.924394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.014151648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2111568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.24284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.26128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.626032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.69749344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.20163404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.23982921
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 239 -
Rwork0.222 4385 -
obs--72.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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