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万見
- PDB-1z5y: Crystal Structure Of The Disulfide-Linked Complex Between The N-T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z5y
タイトルCrystal Structure Of The Disulfide-Linked Complex Between The N-Terminal Domain Of The Electron Transfer Catalyst DsbD and The Cytochrome c Biogenesis Protein CcmG
要素
  • Thiol:disulfide interchange protein dsbD
  • Thiol:disulfide interchange protein dsbE
キーワードOXIDOREDUCTASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN / DSBD / N-TERMINAL DOMAIN / IMMUNOGLOBULIN-LIKE / CCMG / THIOREDOXIN-LIKE / DISULFIDE-LINKED / OXIDOREDUCTASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / cytochrome complex assembly / disulfide oxidoreductase activity / response to copper ion / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic protein thiol:disulphide oxidoreductase DsbE / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulphide interchange protein DsbD / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain superfamily / DsbD gamma / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane region / : ...Periplasmic protein thiol:disulphide oxidoreductase DsbE / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulphide interchange protein DsbD / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain superfamily / DsbD gamma / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal domain / Thiol:disulfide interchange protein DsbD, N-terminal / Cytochrome C biogenesis protein, transmembrane domain / Cytochrome C biogenesis protein transmembrane region / : / Thioredoxin-like domain / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein DsbE / Thiol:disulfide interchange protein DsbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Stirnimann, C.U. / Rozhkova, A. / Grauschopf, U. / Gruetter, M.G. / Glockshuber, R. / Capitani, G.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: Structural Basis and Kinetics of DsbD-Dependent Cytochrome c Maturation
著者: Stirnimann, C.U. / Rozhkova, A. / Grauschopf, U. / Gruetter, M.G. / Glockshuber, R. / Capitani, G.
履歴
登録2005年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Thiol:disulfide interchange protein dsbD
E: Thiol:disulfide interchange protein dsbE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4229
ポリマ－33,0672
非ポリマー3557
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.574, 53.165, 63.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein dsbD / Disulfide Interchange Protein DsbD / Protein-disulfide reductase / Disulfide reductase / C-type ...Disulfide Interchange Protein DsbD / Protein-disulfide reductase / Disulfide reductase / C-type cytochrome biogenesis protein cycZ / Inner membrane copper tolerance protein


分子量: 15982.631 Da / 分子数: 1 / 断片: N-Terminal Domain, Residues 1-143 / 変異: C103S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: DSBD, DIPZ, CYCZ, CUTA2, B4136 / プラスミド: PDSBA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21ROSETTA / 参照: UniProt: P36655, protein-disulfide reductase
#2: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein dsbE / Cytochrome c biogenesis protein ccmG


分子量: 17084.273 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble Domain, Residues 43-185 / 変異: C83S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: DSBE, CCMG / プラスミド: pEC86 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21TUNER(DE3) / 参照: UniProt: P0AA86
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: SODIUM ACETATE, MAGNESIUM CHLORIDE, PEG 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 94 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.90035 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月23日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90035 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 26430 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.1 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASERv1.2位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JZD for nDsbD, homology model based on 1KNG for CcmG

1jzd

1kng


解像度: 1.94→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.27 1902 RANDOM
Rwork0.235 --
obs-25833 -
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.17 Å20 Å24.27 Å2
2---6.68 Å20 Å2
3---11.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2149 0 23 254 2426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 62
Rwork0.306 -
obs-2507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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