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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z5g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Salmonella typhimurium AphA protein | ||||||
要素 | AphA protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Class-B bacterial non-specific acid phosphatases / AphA protein / metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Makde, R.D. / Kumar, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2007 タイトル: Structural and mutational analyses reveal the functional role of active-site Lys-154 and Asp-173 of Salmonella typhimurium AphA protein. 著者: Makde, R.D. / Gupta, G.D. / Mahajan, S.K. / Kumar, V. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003 タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of recombinant class B non-specific acid phosphatase of Salmonella typhimurium 著者: Makde, R.D. / Kumar, V. / Gupta, G.D. / Jasti, J. / Singh, T.P. / Mahajan, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z5g.cif.gz | 185.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z5g.ent.gz | 147 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z5g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1z5g_validation.pdf.gz | 456.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1z5g_full_validation.pdf.gz | 461.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1z5g_validation.xml.gz | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1z5g_validation.cif.gz | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/1z5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z5/1z5g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23870.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: aphA / プラスミド: pET21(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: Q5MB24, UniProt: Q540U1*PLUS, acid phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: PEG 6000, magnesium chloride, sodium acetate, glycerol, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年3月17日 / 詳細: OSMIC Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni Mirror + Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 56804 / Num. obs: 56804 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 24.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / Num. unique all: 5311 / % possible all: 88.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1N8N 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Flat model / Bsol: 48.2 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.07 Å /
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Xplor file |
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