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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z4x | |||||||||
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タイトル | Parainfluenza Virus 5 (SV5) Hemagglutinin-Neuraminidase (HN) with ligand Sialyllactose (soaked with Sialyllactose, pH8.0) | |||||||||
![]() | Hemagglutinin-neuraminidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / hemagglutinin / neuraminidase / fusion / tetramer | |||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Yuan, P. / Thompson, T.B. / Wurzburg, B.A. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies of the parainfluenza virus 5 hemagglutinin-neuraminidase tetramer in complex with its receptor, sialyllactose. 著者: Yuan, P. / Thompson, T.B. / Wurzburg, B.A. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 58508.812 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / 3'-sialyl-alpha-lactose | #4: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 2種, 242分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.6 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 2000 MME, NaCl, Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 35578 / % possible obs: 98.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 0.989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Entry 1E8T 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 32.003 Å2 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.157 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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