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万見
- PDB-1z2u: The 1.1A crystallographic structure of ubiquitin-conjugating enzy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z2u
タイトルThe 1.1A crystallographic structure of ubiquitin-conjugating enzyme (ubc-2) from Caenorhabditis elegans: functional and evolutionary significance
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
キーワードLIGASE / PSI / SECSG / ubiquitin-conjugating enzyme / Caenorhabditis elegans / proteosome pathway / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by BMP / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / Regulation of TNFR1 signaling / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Ovarian tumor domain proteases / Peroxisomal protein import ...Signaling by BMP / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / Regulation of TNFR1 signaling / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Ovarian tumor domain proteases / Peroxisomal protein import / programmed cell death involved in cell development / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / chromosome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Gavira, J.A. / DiGiamamarino, E. / Tempel, W. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Meehan, E. / Ng, J.D. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The 1.1A crystallographic structure of ubiquitin-conjugating enzyme (ubc-2) from Caenorhabditis elegans: functional and evolutionary significance
著者: Gavira, J.A. / DiGiamamarino, E. / Tempel, W. / Liu, Z.J. / Wang, B.C. / Meehan, E. / Ng, J.D.
履歴
登録2005年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,42120
ポリマ－17,0051
非ポリマー41619
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.604, 60.457, 43.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 2 / Ubiquitin-protein ligase 2 / Ubiquitin carrier protein 2


分子量: 17005.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: ubc-2, let-70 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35129, ubiquitin-protein ligase

-
非ポリマー , 5種, 132分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 277.5 K / 手法: capillary counter-diffusion / pH: 5
詳細: 7mg/mL protein in 2mM sodium citrate, 10% (v/v) ethanol, 1.5M Sodium Chloride, pH 5.0, capillary counter-diffusion, temperature 277.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→30 Å / Num. obs: 58674 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.907
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.1-1.1430.14355410.9492.6
1.14-1.183.70.12857250.92395.3
1.18-1.244.10.11357780.96696.6
1.24-1.34.30.10358080.95796.8
1.3-1.394.40.08758490.97797.4
1.39-1.494.90.08859170.98398.2
1.49-1.647.50.08859360.95698.6
1.64-1.887.60.06559620.94799.2
1.88-2.377.60.05160320.88199.7
2.37-307.40.04661260.69599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MAR345データ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1qcq

1qcq


解像度: 1.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.148 / WRfactor Rwork: 0.128 / SU B: 0.6 / SU ML: 0.014 / SU R Cruickshank DPI: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1493 5900 10.181 %RANDOM
Rwork0.1305 ---
all0.132 ---
obs-57952 96.162 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 7.614 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.264 Å20 Å2-0.109 Å2
2--0.037 Å20 Å2
3----0.362 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1175 0 29 113 1317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.9781801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88932891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.3775149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.04522.98257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50615228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5661510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.260
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1110.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3860.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2210.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0470.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0240.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7242782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8732294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.54831315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.58831097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2922554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.04121032
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1513486
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.63931794
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.8993130
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.91432515
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.20632662
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1-1.1280.1574110.1323444444286.785
1.128-1.1590.1333980.1093552428992.096
1.159-1.1920.1344450.1023558425194.166
1.192-1.2290.1193810.0963481408494.564
1.229-1.2690.1274000.0993359394395.334
1.269-1.3140.1293750.0983266380195.791
1.314-1.3630.1273560.1033248374696.209
1.363-1.4190.1353540.1043100357096.751
1.419-1.4820.1253230.1043031343097.784
1.482-1.5540.1393130.1092870324997.969
1.554-1.6380.133090.1092751312098.077
1.638-1.7380.1282850.122632295198.848
1.738-1.8570.142750.1242473277698.991
1.857-2.0060.1532650.1372278256399.22
2.006-2.1970.1512300.132139237799.663
2.197-2.4550.1432200.1421941216599.815
2.455-2.8330.1641890.1551719191299.791
2.833-3.4660.1831810.1611431161399.938
3.466-4.8860.1711170.1591152127199.843
4.886-42.1820.229730.22662771298.315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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