PDB-1z2g: Solution structure of apo, oxidized yeast Cox17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z2g

タイトル

Solution structure of apo, oxidized yeast Cox17

要素

Cytochrome c oxidase copper chaperone

キーワード

CHAPERONE / Copper Chaperone / Cytochrome c Oxidase assembly / disulfide bonds / coiled coil-helix-coiled coil-helix domain / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE

機能・相同性

機能・相同性情報

copper chaperone activity / protein farnesylation / mitochondrial respiratory chain complex IV assembly / copper ion transport / cuprous ion binding / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Arnesano, F. / Balatri, E. / Banci, L. / Bertini, I. / Winge, D.R. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: Folding studies of Cox17 reveal an important interplay of cysteine oxidation and copper binding
著者: Arnesano, F. / Balatri, E. / Banci, L. / Bertini, I. / Winge, D.R.

履歴

登録	2005年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z2g.cif.gz	31.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z2g.ent.gz	21.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z2g_validation.pdf.gz	242.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z2g_full_validation.pdf.gz	241.9 KB	表示
XML形式データ	1z2g_validation.xml.gz	2.6 KB	表示
CIF形式データ	1z2g_validation.cif.gz	3.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/1z2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u96 1u97
類似構造データ	4odn-d 3sxl-2 3sxl-1 2v1r-d 3sxl-3 7d5e-d 6taz-d 1d0d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: CIRMMP23

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome c oxidase copper chaperone

8.07 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル		minimized average structure

#1: タンパク質	Cytochrome c oxidase copper chaperone / Cox17 分子量: 8069.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YLL009C / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12287
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY
1	4	1	HNHA
1	5	1	2D TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM Cox17 15N, 13C; 1mM dithiothreitol; 50mM phosphate buffer; pH 7 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 50mM phosphate buffer / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR			解析
XEASY			データ解析
DYANA		Guentert, Mumenthaler and Wuethrich	構造決定
Amber	6		精密化

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

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