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- PDB-3sxl: SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sxl
タイトルSEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER
要素PROTEIN (SEX-LETHAL)
キーワードRNA BINDING DOMAIN / RBD / RNA RECOGNITION MOTIF / RRM / SPLICING INHIBITOR / TRANSLATIONAL INHIBITOR / SEX DETERMINATION / X CHROMOSOME DOSAGE COMPENSATION
機能・相同性
機能・相同性情報


sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / female sex determination / imaginal disc growth / sex determination / regulation of stem cell division ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / female sex determination / imaginal disc growth / sex determination / regulation of stem cell division / poly-pyrimidine tract binding / negative regulation of RNA export from nucleus / sex-chromosome dosage compensation / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / poly(A) binding / pre-mRNA binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of smoothened signaling pathway / reciprocal meiotic recombination / poly(U) RNA binding / oogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / negative regulation of translation / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sex-lethal splicing factor / : / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...Sex-lethal splicing factor / : / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein sex-lethal
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Crowder, S.M. / Kanaar, R. / Rio, D.C. / Alber, T.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Absence of interdomain contacts in the crystal structure of the RNA recognition motifs of Sex-lethal.
著者: Crowder, S.M. / Kanaar, R. / Rio, D.C. / Alber, T.
履歴
登録1999年4月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SEX-LETHAL)
B: PROTEIN (SEX-LETHAL)
C: PROTEIN (SEX-LETHAL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0943
ポリマ－63,0943
非ポリマー00
水00
1
A: PROTEIN (SEX-LETHAL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0311
ポリマ－21,0311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (SEX-LETHAL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0311
ポリマ－21,0311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (SEX-LETHAL)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0311
ポリマ－21,0311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.910, 124.470, 50.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1, 1), (1), (-1) / ベクター: 0.16667)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SEX-LETHAL)


分子量: 21031.182 Da / 分子数: 3
断片: RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PET-3B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P19339
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: pH 7.80
結晶化
*PLUS
pH: 7.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 mg/mlprotein1drop
210 %glycerol1drop
35 mMHEPES1drop
420 %PEG2000 MME1reservoir
50.1 MHEPES1reservoir
60.2 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.06879, 0.98001, 0.97957, 1.2000
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.068791
20.980011
30.979571
41.21
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 16847 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 68.5 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル最高解像度: 2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Biso Wilson estimate: 68.5 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.4精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high rms absF: 1604575.59 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1494 10 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs-14901 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å24.91 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---0.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5.5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 0 0 3696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6 /
反射数%反射
Rfree258 10.6 %
Rwork2168 -
obs-98.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 56.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.12
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % reflection Rfree: 10.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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