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万見
- PDB-1z27: Crystal structure of Native Pvs25, an ookinete protein from Plasm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z27
タイトルCrystal structure of Native Pvs25, an ookinete protein from Plasmodium vivax.
要素ookinete surface protein Pvs25
キーワードCELL ADHESION / Four EGF-like domains
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cell surface / membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. ...Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ookinete surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Saxena, A.K. / Singh, K. / Su, H.P. / Klein, M.M. / Stowers, A.W. / Saul, A.J. / Long, C.A. / Garboczi, D.N.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The essential mosquito-stage P25 and P28 proteins from Plasmodium form tile-like triangular prisms
著者: Saxena, A.K. / Singh, K. / Su, H.P. / Klein, M.M. / Stowers, A.W. / Saul, A.J. / Long, C.A. / Garboczi, D.N.
履歴
登録2005年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ookinete surface protein Pvs25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5481
ポリマ－20,5481
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.611, 59.805, 66.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ookinete surface protein Pvs25


分子量: 20548.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
プラスミド: YEpRPEU-3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): VK1
キーワード: Plasmodium vivax ookinete surface protein lacking N-terminal signal sequence and C- terminal GPI linker
参照: UniProt: O96555
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG1500, NaMES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月7日 / 詳細: osmic mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→24.5 Å / Num. all: 10384 / Num. obs: 10384 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 10.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 10384 / Rsym value: 0.516 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Pvs25 model from Methylated Pvs25 structure solved in P21 space group

解像度: 2.08→24.5 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 546 5.1 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.258 10384 --
obs0.258 10384 96.8 %-
溶媒の処理Bsol: 42.008 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.813 Å20 Å20 Å2
2---24.98 Å20 Å2
3---12.167 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→24.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1321 0 0 21 1342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d6.925
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.096
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.004
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3986 53 -
Rwork0.3236 --
obs-959 91.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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