PDB-1z1g: Crystal structure of a lambda integrase tetramer bound to a Holli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z1g

タイトル

Crystal structure of a lambda integrase tetramer bound to a Holliday junction

要素

(29-MER) x 4
25-MER
5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*CP*C)-3'
Integrase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

provirus excision / integrase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage lambda (λファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.4 Å

データ登録者

Biswas, T. / Aihara, H. / Radman-Livaja, M. / Filman, D. / Landy, A. / Ellenberger, T.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: A structural basis for allosteric control of DNA recombination by lambda integrase.
著者: Biswas, T. / Aihara, H. / Radman-Livaja, M. / Filman, D. / Landy, A. / Ellenberger, T.

履歴

登録	2005年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	1z1g_full_validation.pdf.gz	787.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/1z1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/1z1g	HTTPS FTP

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関連構造データ

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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

I: 29-MER

J: 29-MER

K: 29-MER

L: 29-MER

E: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*CP*C)-3'

F: 25-MER

G: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*AP*CP*C)-3'

H: 25-MER

A: Integrase

B: Integrase

C: Integrase

D: Integrase

229 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.759, 109.759, 265.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	VAL	VAL	A	I	75 - 175	75 - 175
2	1	1	THR	THR	VAL	VAL	B	J	75 - 175	75 - 175
3	1	1	THR	THR	VAL	VAL	C	K	75 - 175	75 - 175
4	1	1	THR	THR	VAL	VAL	D	L	75 - 175	75 - 175
5	2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	A	I	176 - 330	176 - 330
6	2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	B	J	176 - 330	176 - 330
7	2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	C	K	176 - 330	176 - 330
8	2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	D	L	176 - 330	176 - 330
1	1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	A	I	11 - 40	11 - 40
2	1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	B	J	11 - 40	11 - 40
3	1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	C	K	11 - 40	11 - 40
4	1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	D	L	11 - 40	11 - 40
1	1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	A	I	41 - 55	41 - 55
2	1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	B	J	41 - 55	41 - 55
3	1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	C	K	41 - 55	41 - 55
4	1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	D	L	41 - 55	41 - 55
1	1	4	DC	DC	DC	DC	E	E	2 - 24	2 - 24
2	1	4	DC	DC	DC	DC	G	G	2 - 24	2 - 24
1	1	5	DG	DG	DG	DG	F	F	2 - 24	2 - 24
2	1	5	DG	DG	DG	DG	H	H	2 - 24	2 - 24
1	1	6	DA	DA	DT	DT	I	A	2 - 13	2 - 13
2	1	6	DT	DT	DT	DT	K	C	2 - 13	2 - 13
1	1	7	DA	DA	DT	DT	J	B	17 - 28	17 - 28
2	1	7	DA	DA	DA	DA	L	D	17 - 28	17 - 28
1	1	8	DA	DA	DC	DC	I	A	16 - 29	16 - 29
2	1	8	DT	DT	DG	DG	K	C	16 - 29	16 - 29
1	1	9	DA	DA	DT	DT	L	D	2 - 14	2 - 14
2	1	9	DG	DG	DA	DA	J	B	2 - 14	2 - 14

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

詳細

The biological assembly is a tetramer contained in an asymetric unit

-
DNA鎖 , 6種, 8分子 IJKLEGFH

#1: DNA鎖	29-MER 分子量: 8867.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖	29-MER 分子量: 8940.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	29-MER 分子量: 8898.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖	29-MER 分子量: 8941.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖	5'-D(APCPAPGPGPTPCPAPCPTPAPTPCPAPGPTPCPAPAPAPAPTPAPCPC)-3' 分子量: 7619.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#6: DNA鎖	25-MER 分子量: 7734.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#7: タンパク質	Integrase 分子量: 40732.324 Da / 分子数: 4 / Mutation: Y342F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ) 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: INT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P03700

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 71 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, bis-tris-propane, di-ammonium hydrogen phosphate, glycerol, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 8000	1	1
2	bis-tris-propane	1	1
3	di-ammonium hydrogen phosphate	1	1
4	glycerol	1	1
5	DTT	1	1
6	H2O	1	1
7	PEG 8000	1	2
8	bis-tris-propane	1	2
9	di-ammonium hydrogen phosphate	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.9793,0.9795,0.9709

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月15日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9795	1
3	0.9709	1

反射

解像度: 4.4→45 Å / Num. all: 22852 / Num. obs: 22783 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3

反射シェル

解像度: 4.4→4.56 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 4.4→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 115.312 / SU ML: 1.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.102
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29207	1146	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24444	-	-	-
obs	0.24683	21338	99.96 %	-
all	-	22525	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 108.297 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.63 Å²	-0.81 Å²	0 Å²
2-	-	-1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.4→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10790	4366	0	0	15156

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.021	15870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.831	2.311	22327
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.46	5	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.331	0.2	8695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.278	0.3	697
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.368	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.498	0.3	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1016	tight positional	0.08	0.05
1	2	B	1016	tight positional	0.09	0.05
1	3	C	1016	tight positional	0.08	0.05
1	4	D	1016	tight positional	0.07	0.05
2	1	A	120	tight positional	0.11	0.05
2	2	B	120	tight positional	0.1	0.05
2	3	C	120	tight positional	0.11	0.05
2	4	D	120	tight positional	0.14	0.05
3	1	A	60	tight positional	0.09	0.05
3	2	B	60	tight positional	0.1	0.05
3	3	C	60	tight positional	0.1	0.05
3	4	D	60	tight positional	0.12	0.05
1	1	A	960	medium positional	0.79	0.5
1	2	B	960	medium positional	0.82	0.5
1	3	C	960	medium positional	0.89	0.5
1	4	D	960	medium positional	0.85	0.5
2	1	A	131	medium positional	1.2	0.5
2	2	B	131	medium positional	1.45	0.5
2	3	C	131	medium positional	1.19	0.5
2	4	D	131	medium positional	1.13	0.5
3	1	A	59	medium positional	1.25	0.5
3	2	B	59	medium positional	1.17	0.5
3	3	C	59	medium positional	1.19	0.5
3	4	D	59	medium positional	1.46	0.5
4	1	E	469	medium positional	0.32	0.5
5	1	F	474	medium positional	0.35	0.5
6	1	I	140	medium positional	0.36	0.5
7	1	J	147	medium positional	0.28	0.5
8	1	I	146	medium positional	0.35	0.5
9	1	L	141	medium positional	0.32	0.5

LS精密化シェル

解像度: 4.4→4.626 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.39	150
R_work	0.378	3021

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9452	-2.0521	-0.8699	3.2428	-1.0963	3.7001	0.3401	-0.5312	-1.0097	1.0517	-0.1489	-0.0011	0.7567	-0.2419	-0.1912	0.1447	0.4982	0.1455	2.2111	-0.5262	2.2717	36.7222	-19.1301	43.3496
2	3.5963	-0.0667	0.1207	3.4823	0.8801	3.9059	-0.4424	1.3172	1.1585	-1.6333	0.4992	-0.6426	-2.0655	0.7003	-0.0568	2.1913	-0.5277	0.1008	2.0766	0.089	1.351	37.2115	14.1505	-0.504

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	I	11 - 74	11 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	J	10 - 74	10 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	K	11 - 74	11 - 74
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	L	10 - 74	10 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	1 - 24	1 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	F	1 - 25	1 - 25
7	X-RAY DIFFRACTION	1	G	G	1 - 24	1 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	1	H	H	1 - 25	1 - 25
9	X-RAY DIFFRACTION	2	A	I	75 - 356	75 - 356
10	X-RAY DIFFRACTION	2	B	J	75 - 356	75 - 356
11	X-RAY DIFFRACTION	2	C	K	75 - 356	75 - 356
12	X-RAY DIFFRACTION	2	D	L	75 - 356	75 - 356
13	X-RAY DIFFRACTION	2	I	A	1 - 29	1 - 29
14	X-RAY DIFFRACTION	2	J	B	1 - 29	1 - 29
15	X-RAY DIFFRACTION	2	K	C	1 - 29	1 - 29
16	X-RAY DIFFRACTION	2	L	D	1 - 29	1 - 29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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