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- PDB-1yz7: Crystal structure of a C-terminal segment of the alpha subunit of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yz7
タイトルCrystal structure of a C-terminal segment of the alpha subunit of aIF2 from Pyrococcus abyssi
要素Probable translation initiation factor 2 alpha subunit
キーワードTRANSLATION / helical domain / alpha-beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / ribosome binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain ...EIF_2_alpha / Translation initiation factor 2, alpha subunit, archaeal / Translation initiation factor 2; subunit 1; domain 2 / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DNA polymerase; domain 1 / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor 2 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Yatime, L. / Schmitt, E. / Blanquet, S. / Mechulam, Y.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structure-Function Relationships of the Intact aIF2alpha Subunit from the Archaeon Pyrococcus abyssi
著者: Yatime, L. / Schmitt, E. / Blanquet, S. / Mechulam, Y.
履歴
登録2005年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable translation initiation factor 2 alpha subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7731
ポリマ－21,7731
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.538, 79.840, 47.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Probable translation initiation factor 2 alpha subunit / eIF-2-alpha / AIF2


分子量: 21773.152 Da / 分子数: 1 / 断片: domains 2 and 3(residues 89-275) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / プラスミド: pet3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-De3 / 参照: UniProt: Q9V0E4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: ammonium sulfate, isopropanol, NaCl, MOPS, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンESRF ID23-120.9790, 0.9756
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2004年5月16日
2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2crystalMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.9791
30.97561
反射解像度: 2.26→41 Å / Num. all: 11549 / Num. obs: 11549 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 840 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 最高解像度: 2.26 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 692 -random
Rwork0.236 ---
all0.239 11369 --
obs0.239 11369 98.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 45.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.431 Å20 Å20 Å2
2--5.407 Å20 Å2
3----7.838 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1423 0 0 65 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0077
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.32 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.339 53
Rwork0.309 -
obs-850

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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