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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yyl | |||||||||
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タイトル | crystal structure of CD4M33, a scorpion-toxin mimic of CD4, in complex with HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein and anti-HIV-1 antibody 17b | |||||||||
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![]() | Viral protein/Immune system / HIV-1 / gp120 / YU2 / scorpion toxin / CD4 mimic / CD4M33 / antibody / Viral protein-Immune system COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang, C.C. / Stricher, F. / Martin, L. / Decker, J.M. / Majeed, S. / Barthe, P. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Roumestand, C. / Sodroski, J. ...Huang, C.C. / Stricher, F. / Martin, L. / Decker, J.M. / Majeed, S. / Barthe, P. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Roumestand, C. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Shaw, G.M. / Vita, C. / Kwong, P.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Scorpion-toxin mimics of CD4 in complex with human immunodeficiency virus gp120 crystal structures, molecular mimicry, and neutralization breadth. 著者: Huang, C.C. / Stricher, F. / Martin, L. / Decker, J.M. / Majeed, S. / Barthe, P. / Hendrickson, W.A. / Robinson, J. / Roumestand, C. / Sodroski, J. / Wyatt, R. / Shaw, G.M. / Vita, C. / Kwong, P.D. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 321.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 254.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 522.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 577.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 4分子 LQHR
#2: 抗体 | 分子量: 23399.898 Da / 分子数: 2 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 解説: EPSTEIN-BARR VIRUS IMMORTALIZED B-CELLCLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER 発現宿主: ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 24457.387 Da / 分子数: 2 / 断片: ANTIGEN-BINDING FRAGMENT, FAB / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 解説: EPSTEIN-BARR VIRUS IMMORTALIZED B-CELLCLONE FUSED WITH A MURINE B-CELL FUSION PARTNER 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 / 非ポリマー , 4種, 344分子 GPMS![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 34838.691 Da / 分子数: 2 断片: UNP residues 82-126,UNP residues 191-293,UNP residues 325-479 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Lentivirus 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P35961 #4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2939.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: SYNTHETIC MINIPROTEIN (SOLID PHASE METHOD USING FMOC-PROTECTED AMINO ACIDS) 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #5: 糖 | ChemComp-NAG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.593 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, isopropanol, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月5日 |
放射 | モノクロメーター: SI (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→20 Å / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 46.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RZK 解像度: 2.75→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 193480.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.8683 Å2 / ksol: 0.340928 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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