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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yy8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Fab fragment from the monoclonal antibody cetuximab/Erbitux/IMC-C225 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / FAB FRAGMENT / ANTIBODY DRUG / CANCER | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, S. / Schmitz, K.R. / Jeffrey, P.D. / Wiltzius, J.J.W. / Kussie, P. / Ferguson, K.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for inhibition of the epidermal growth factor receptor by cetuximab 著者: Li, S. / Schmitz, K.R. / Jeffrey, P.D. / Wiltzius, J.J.W. / Kussie, P. / Ferguson, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 179.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pdHL2 / Cell (発現宿主): mouse myeloma cell line / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 属: Mus, Homo / 生物種: , / 株: , / プラスミド: pdHL2 / Cell (発現宿主): mouse myeloma cell line / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 73414 / Num. obs: 73414 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 0.968 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb ids 1IBG, 1AD9 解像度: 2→15 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
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拘束条件 |
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