PDB-1yx1: Crystal Structure of Protein of Unknown Function PA2260 from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yx1

タイトル

Crystal Structure of Protein of Unknown Function PA2260 from Pseudomonas aeruginosa, Possible Sugar Phosphate Isomerase

要素

hypothetical protein PA2260

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / PA2260 / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of hypothetical protein PA2260 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Osipiuk, J. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yx1.cif.gz	171.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yx1.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yx1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yx1_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yx1_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	1yx1_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	1yx1_validation.cif.gz	53.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/1yx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/1yx1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e0q-d 3gb9-d 3e9z-d 6b4q-1 3djf-d 4doh-1 1kkl-d 4gka-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5559

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein PA2260

B: hypothetical protein PA2260

C: hypothetical protein PA2260

ヘテロ分子

88.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.636, 91.913, 124.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	hypothetical protein PA2260 分子量: 29494.018 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PA01 / 遺伝子: PA2260 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I1L3
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis_Tris pH 6.5, 8% PEG 5000 MME, 4% isopropyl alcohol, 50 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97943 / 波長: 0.97943 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月26日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 80010 / Num. obs: 75770 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 34.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 59.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / SU B: 3.281 / SU ML: 0.053 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2019	2258	-	RANDOM
R_work	0.16947	-	-	-
obs	0.16947	75767	86.21 %	-
all	-	75767	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.331 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5890	0	13	681	6584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.977	8437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.806	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.033	22.539	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.07	15	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.021	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	2986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	587
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.184	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.932	1.5	3771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.641	2	6042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.824	3	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.55	4.5	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.207	2491	-
R_free	-	0	-
obs	-	-	38.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5057	-0.2476	0.1478	0.4485	-0.1991	0.6884	0.0271	0.0437	-0.0316	0.0221	0.0104	-0.0186	0.0409	-0.0201	-0.0375	-0.0264	-0.0019	-0.0253	-0.036	-0.0022	-0.0195	26.1031	11.2188	53.7481
2	0.8939	-0.2304	-0.1161	0.5944	-0.0224	0.753	0.0591	0.0082	0.0384	-0.058	-0.022	0.0226	-0.0752	-0.0168	-0.037	-0.0196	0.0139	0.0071	-0.0387	0.0088	-0.0416	3.2334	39.9327	39.1471
3	0.2111	-0.0271	-0.2849	0.639	-0.1033	1.2827	-0.001	0.001	-0.0098	-0.0512	-0.0026	-0.0489	-0.1341	0.1767	0.0036	-0.0148	-0.0448	0.0116	-0.0043	0.0032	-0.0495	32.5971	24.2403	16.4888

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 252	5 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 253	5 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	3 - 252	5 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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