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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ywf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Mycobacterium Tuberculosis Protein Tyrosine Phosphatase PtpB | ||||||
![]() | PHOSPHOTYROSINE PROTEIN PHOSPHATASE PTPB | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / Four stranded parallel beta sheet with flanking helices / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylinositol trisphosphate phosphatase activity / biological process involved in interaction with host / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / protein dephosphorylation / protein tyrosine phosphatase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grundner, C. / Ng, H.L. / Alber, T. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mycobacterium tuberculosis Protein Tyrosine Phosphatase PtpB Structure Reveals a Diverged Fold and a Buried Active Site. 著者: Grundner, C. / Ng, H.L. / Alber, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 440.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32365.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET28b+ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.05M KH2PO4, 20% PEG8000, 10mM NaAcetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月6日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→79 Å / Num. all: 33939 / Num. obs: 33939 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 66.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / % possible all: 48.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.706 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.714→1.758 Å / Total num. of bins used: 20 /
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