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- PDB-1yw6: Crystal Structure of Succinylglutamate Desuccinylase from Escheri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yw6
タイトルCrystal Structure of Succinylglutamate Desuccinylase from Escherichia coli, Northeast Structural Genomics Target ET72.
要素Succinylglutamate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta protein. / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


succinylglutamate desuccinylase / succinylglutamate desuccinylase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process to glutamate / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinylglutamate desuccinylase / Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase / Succinylglutamate desuccinylase / Aspartoacylase family / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinylglutamate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Forouhar, F. / Yong, W. / Kuzin, A.P. / Ciano, M. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Succinylglutamate Desuccinylase from Escherichia coli, Northeast Structural Genomics Target ET72.
著者: Forouhar, F. / Yong, W. / Kuzin, A.P. / Ciano, M. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2005年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinylglutamate desuccinylase
B: Succinylglutamate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8064
ポリマ－75,6142
非ポリマー1922
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area27790 Å2
手法PISA
2
A: Succinylglutamate desuccinylase
B: Succinylglutamate desuccinylase
ヘテロ分子

A: Succinylglutamate desuccinylase
B: Succinylglutamate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6128
ポリマ－151,2274
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_665-y+3/2,-x+3/2,-z+1/21
Buried area9010 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area50410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.804, 146.804, 209.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Succinylglutamate desuccinylase


分子量: 37806.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: astE / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic
キーワード: Substitution of Met by Seleno-Met and addition of five residues at N-terminus (MAGDP) and a C-tag (LEHHHHHH), AstE
参照: UniProt: P76215, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-HCl (pH 8.0), 1.5 M magnesium sulfate, and DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97926, 0.97949, 0.94644
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.979491
30.946441
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 39627 / Num. obs: 39469 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 21.25
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 3950 / Rsym value: 0.687 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 266586.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 3639 9.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.23 36992 --
obs0.227 36992 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9776 Å2 / ksol: 0.340631 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.27 Å20 Å20 Å2
2--3.27 Å20 Å2
3----6.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 10 114 4969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 539 9.9 %
Rwork0.282 4925 -
obs-4925 82.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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