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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yw4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Succinylglutamate Desuccinylase from Chromobacterium violaceum, Northeast Structural Genomics Target CvR22. | ||||||
要素 | Succinylglutamate desuccinylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-beta protein / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 succinylglutamate desuccinylase / succinylglutamate desuccinylase activity / arginine catabolic process to succinate / arginine catabolic process to glutamate / hydrolase activity, acting on ester bonds / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chromobacterium violaceum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Abashidze, M. / Conover, K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Succinylglutamate Desuccinylase from Chromobacterium violaceum, Northeast Structural Genomics Target CvR22. 著者: Forouhar, F. / Abashidze, M. / Conover, K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yw4.cif.gz | 138.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yw4.ent.gz | 114 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yw4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/1yw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yw/1yw4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | possibly dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37870.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア) 株: ATCC 12472 / 遺伝子: astE / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic キーワード: Substitution of Met by Seleno-Met and addition of a C-tag (LEHHHHHH), AstE 参照: UniProt: Q7NU26, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 18% PEG 2K, 100 mM magnesium chloride, and 5 DTT. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 85332 / Num. obs: 83796 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 8284 / Rsym value: 0.277 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 398591.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9201 Å2 / ksol: 0.341606 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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