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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yum | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Nicotinic Acid Mononucleotide Adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | 'Probable nicotinate-nucleotide adenylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / alpha/beta domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase / nicotinate-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yoon, H.J. / Kim, H.L. / Mikami, B. / Suh, S.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase from Pseudomonas aeruginosa in its Apo and substrate-complexed forms reveals a fully open conformation 著者: Yoon, H.J. / Kim, H.L. / Mikami, B. / Suh, S.W. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS. ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAINS. THE BIOLOGICAL UNIT IS NOT ASSIGNED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yum.cif.gz | 204.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yum.ent.gz | 161.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yum_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yum_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1yum_validation.xml.gz | 52.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yum_validation.cif.gz | 71.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/1yum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/1yum | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operations: -x, 1/2+y, -z |
-要素
#1: タンパク質 | ' 分子量: 27074.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: nadD (PA4006) / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: Q9HX21, nicotinate-nucleotide adenylyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-CIT / #3: 化合物 | ChemComp-NCN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: bis-tris propane, trisodium citrate, glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.85 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: quasi-monochromatic X-ray / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.85 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 118067 / Num. obs: 118041 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 21.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Num. unique all: 12046 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: apo NaMN AT 解像度: 1.7→10 Å / Num. parameters: 31002 / Num. restraintsaints: 29215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (H,-K,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.49421
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Refine analyze | Num. disordered residues: 26 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 7590.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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