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万見
- PDB-1yu9: GppNHp-Bound Rab4A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yu9
タイトルGppNHp-Bound Rab4A
要素GTP-binding protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab4 / vesicular trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / Rab protein signal transduction / insulin-responsive compartment / vesicle-mediated transport in synapse / RAB geranylgeranylation / MET receptor recycling / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of endocytosis ...neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / Rab protein signal transduction / insulin-responsive compartment / vesicle-mediated transport in synapse / RAB geranylgeranylation / MET receptor recycling / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / regulation of endocytosis / vesicle-mediated transport / cytoplasmic vesicle membrane / small monomeric GTPase / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / recycling endosome / recycling endosome membrane / GDP binding / protein transport / G protein activity / early endosome membrane / vesicle / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Rab4 / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...Rab4 / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5.
著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G.
履歴
登録2005年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4135
ポリマ－19,6741
非ポリマー7394
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: GTP-binding protein
ヘテロ分子

A: GTP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,82610
ポリマ－39,3492
非ポリマー1,4778
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area4020 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.808, 68.808, 90.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GTP-binding protein


分子量: 19674.312 Da / 分子数: 1 / 断片: GTPase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Rab4a / プラスミド: PGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL cells / 参照: UniProt: P20338
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulfate, MES, Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月23日
放射モノクロメーター: confocal blue optic device / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 13803 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2011 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rab3a polyalanine

解像度: 2.07→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19547 665 -Random
Rwork0.15631 ---
all0.179 25209 --
obs0.1582 12656 98.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1384 0 43 237 1664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.99
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.004
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.001
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.081
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.157
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.037
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.186
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.425
LS精密化 シェル解像度: 2.067→2.116 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 52 -
Rwork0.172 --
obs-12780 91.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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