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- PDB-1yu5: Crystal Structure of the Headpiece Domain of Chicken Villin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yu5
タイトルCrystal Structure of the Headpiece Domain of Chicken Villin
要素Villin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / alpha helix / 3-10 helix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / actin filament capping / actin filament depolymerization ...regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of epithelial cell migration / actin filament bundle / microvillus / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / ruffle / cellular response to epidermal growth factor stimulus / actin filament polymerization / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain ...Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Meng, J. / Vardar, D. / Wang, Y. / Guo, H.C. / Head, J.F. / McKnight, C.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: High-resolution crystal structures of villin headpiece and mutants with reduced f-actin binding activity.
著者: Meng, J. / Vardar, D. / Wang, Y. / Guo, H.C. / Head, J.F. / McKnight, C.J.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Villin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6121
ポリマ－7,6121
非ポリマー00
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.224, 38.034, 52.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Villin


分子量: 7611.663 Da / 分子数: 1 / 断片: Headpiece / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PVHP10-76 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: P02640
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.5 M Na,K Phosphate buffer, 100 mM 2-(4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperzainyl) ethanesulfonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C10.9206
シンクロトロンNSLS X8C20.9202,0.9050
検出器
ID検出器日付
1IMAGE PLATE2001年6月2日
2IMAGE PLATE2002年8月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92061
20.92021
30.9051
反射解像度: 1.4→20.14 Å / Num. all: 12905 / Num. obs: 12850 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.6 / Num. unique all: 2119 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Bromine phased model, with six bromide sites per asymmetric unit

解像度: 1.4→100 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 523362.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1025 8 %Random
Rwork0.192 ---
obs0.194 12850 99.6 %-
all-12905 --
溶媒の処理溶媒モデル: Flat model / Bsol: 61.959 Å2 / ksol: 0.421524 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.55 Å20 Å20 Å2
2---1.604 Å20 Å2
3----1.945 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数537 0 0 95 632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.91.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.242.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.4-1.490.2271778.40.20619420.0171596100
1.49-1.540.21121350.19121572
1.54-1.640.22611130.19741586
1.64-1.760.22921280.17371588
1.76-1.940.21321070.18621495
1.94-2.220.20191390.18151611
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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