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- PDB-1yu0: Major Tropism Determinant P1 Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yu0
タイトルMajor Tropism Determinant P1 Variant
要素Major Tropism Determinant (Mtd-P1)
キーワードVIRAL PROTEIN / C-type Lectin / Beta Sandwich / Beta Prism / variability / diversity-generating retroelement
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tropism switching / virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #30 / Tail fiber receptor-binding protein / Tail fiber receptor-binding protein / : / Mtd second domain / Major tropism determinant, N-terminal domain / Major tropism determinant N-terminal domain / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily ...Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #30 / Tail fiber receptor-binding protein / Tail fiber receptor-binding protein / : / Mtd second domain / Major tropism determinant, N-terminal domain / Major tropism determinant N-terminal domain / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / paralog of FGE (formylglycine-generating enzyme) / Sulfatase-modifying factor enzyme superfamily / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / C-type lectin fold / Trefoil / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber receptor-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者McMahon, S.A. / Miller, J.L. / Lawton, J.A. / Ghosh, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The C-type lectin fold as an evolutionary solution for massive sequence variation
著者: McMahon, S.A. / Miller, J.L. / Lawton, J.A. / Kerkow, D.E. / Hodes, A. / Marti-Renom, M.A. / Doulatov, S. / Narayanan, E. / Sali, A. / Miller, J.F. / Ghosh, P.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Tropism Determinant (Mtd-P1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6383
ポリマ－39,5571
非ポリマー802
水8,791488
1
A: Major Tropism Determinant (Mtd-P1)
ヘテロ分子

A: Major Tropism Determinant (Mtd-P1)
ヘテロ分子

A: Major Tropism Determinant (Mtd-P1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9139
ポリマ－118,6723
非ポリマー2406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_775-y+2,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_575-x+y,-x+2,z1
Buried area14230 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area35100 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.258, 92.258, 102.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CA

21A-502-

CA

31A-758-

HOH

41A-862-

HOH

51A-932-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from: -y, x-y, z and -x+y, -x, z

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要素

#1: タンパク質 Major Tropism Determinant (Mtd-P1)


分子量: 39557.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella phage BPP-1 (ファージ)
プラスミド: pGEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q775D6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: PEG 550 MME, HEPES, calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.1055
シンクロトロンAPS 19-ID20.97910, 0.97932, 0.95372
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.10551
20.97911
30.979321
40.953721
反射解像度: 1.56→50 Å / Num. all: 69212 / Num. obs: 69212 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.56→1.62 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.56→20.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.693 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14478 3496 5.1 %RANDOM
Rwork0.12755 ---
all0.12843 69212 --
obs0.12843 69212 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.629 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→20.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2758 0 2 488 3248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9073856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76535620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3015375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.58923.534116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.36315378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1691512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1150.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2120.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6891.51870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1561.5792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08122915
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79131115
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4474.5941
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.599 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.163 274 -
Rwork0.127 4856 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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