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- PDB-1ytb: CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ytb
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX
要素
  • DNA (29MER)
  • PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Geiger, J.H. / Hahn, S. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of a yeast TBP/TATA-box complex.
著者: Kim, Y. / Geiger, J.H. / Hahn, S. / Sigler, P.B.
履歴
登録1994年9月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (29MER)
D: DNA (29MER)
A: PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))
B: PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2174
ポリマ－58,2174
非ポリマー00
水9,242513
1
C: DNA (29MER)
A: PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1092
ポリマ－29,1092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA (29MER)
B: PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1092
ポリマ－29,1092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.770, 100.770, 66.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 109 / 2: CIS PROLINE - PRO A 200 / 3: CIS PROLINE - PRO B 109 / 4: CIS PROLINE - PRO B 200
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.06319, -0.9977, 0.0237), (-0.9939, 0.06077, -0.09169), (0.09004, -0.02935, -0.9955)
ベクター: 49.65, 55.11, 66.59)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD M1 A 61 - A 240 B 61 - B 240 0.445 M1 C 1 - C 29 D 1 - D 29 1.571

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要素

#1: DNA鎖 DNA (29MER)


分子量: 8987.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (TATA BINDING PROTEIN (TBP))


分子量: 20120.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 800011
3GLYCEROL11
4ETHYLENE GLYCOL11
5NACL11
6BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
7WATER12
8PEG 800012
9GLYCEROL12
10ETHYLENE GLYCOL12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.25 mMprotein1drop
20.5 mMDNA1drop
3500 mM1dropNaCl
420 mM1,3-bis(tris-(hydroxymethyl)-methylamino) propane1drop
515 %PEG80001drop
61 %ethylene glycol1drop
730 %PEG80001reservoir
840 mM1,3-bis(tris-(hydroxymethyl)-methylamino) propane1reservoir
92.5 %glycerol1reservoir
102 %ethylene glycol1reservoir
11500 mM1reservoirNaCl

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 59705 / % possible obs: 98.5 %
反射
*PLUS
% possible obs: 98.5 %

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 --
Rwork0.201 --
obs0.201 51009 86.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 35.1 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 1194 0 513 4539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d31.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.38
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rfree: 0.261
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.1 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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