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- PDB-1yrq: Structure of the ready oxidized form of [NiFe]-hydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yrq
タイトルStructure of the ready oxidized form of [NiFe]-hydrogenase
要素(Periplasmic [NiFe] hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NiB state / hydroxide bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / NICKEL (II) ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural differences between the ready and unready oxidized states of [NiFe] hydrogenases.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Int.J.Hydrogen Energy / 年: 2002
タイトル: High-resolution crystallographic analysis of Desulfovibrio fructosovorans [NiFe] hydrogenase
著者: Volbeda, A. / Montet, Y. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Gas access to the active site of Ni-Fe hydrogenase probed by X-ray crystallography and molecular dynamics
著者: Montet, Y. / Amara, P. / Volbeda, A. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Field, M.J. / Frey, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2005年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_biol / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
H: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
B: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
I: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
C: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
J: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
D: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
K: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
F: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
M: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
G: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
N: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)535,51548
ポリマ－528,20812
非ポリマー7,30836
水33,9761886
1
A: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
H: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2538
ポリマ－88,0352
非ポリマー1,2186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
I: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2538
ポリマ－88,0352
非ポリマー1,2186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA, PQS
3
C: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
J: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2538
ポリマ－88,0352
非ポリマー1,2186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8510 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA, PQS
4
D: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
K: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2538
ポリマ－88,0352
非ポリマー1,2186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area25210 Å2
手法PISA, PQS
5
F: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
M: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2538
ポリマ－88,0352
非ポリマー1,2186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PISA, PQS
6
G: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
N: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2538
ポリマ－88,0352
非ポリマー1,2186
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area25500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.500, 99.700, 183.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
モデル数2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11N
22G
33G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSVALVAL1NL5 - 915 - 91
121LYSLYSLYSLYS3NL9292
131VALVALTYRTYR1NL93 - 27793 - 277
141LYSLYSLYSLYS3NL278278
151ASPASPPROPRO1NL279 - 302279 - 302
161SERSERLYSLYS3NL303 - 304303 - 304
171HISHISVALVAL1NL305 - 327305 - 327
181ASPASPASPASP3NL328328
191LEULEUTYRTYR1NL329 - 341329 - 341
1101ALAALAASPASP6NL342 - 346342 - 346
1111ASPASPTHRTHR1NL346 - 360346 - 360
1121LYSLYSASPASP3NL361 - 366361 - 366
1131HISHISASPASP1NL367 - 405367 - 405
1141METMETLYSLYS3NL406 - 410406 - 410
1151LEULEUILEILE1NL411 - 443411 - 443
1161LYSLYSLYSLYS3NL444 - 452444 - 452
1171ASPASPALAALA1NL453 - 458453 - 458
1181LYSLYSLYSLYS6NL459459
1191TRPTRPPROPRO1NL460 - 527460 - 527
1201LYSLYSARGARG6NL528 - 529528 - 529
1211PROPROHISHIS1NL530 - 549530 - 549
1221FCOFCOMGMG1NVA - UA550 - 553
1231HOHHOHHOHHOH1NHB559 - 586
1241HOHHOHHOHHOH3NHB588 - 589
1251HOHHOHHOHHOH1NHB591 - 599
1261HOHHOHHOHHOH6NHB601 - 602
1271HOHHOHHOHHOH1NHB603 - 671
1281HOHHOHHOHHOH6NHB672
1291HOHHOHHOHHOH1NHB673 - 674
212ALAALAILEILE1GK3 - 813 - 81
222ASPASPASPASP1GK8282
232GLYGLYARGARG1GK83 - 17483 - 174
242SF4SF4SF4SF41GSA267
252HOHHOHHOHHOH1GGB5268 - 5278
262HOHHOHHOHHOH1GGB5280 - 5320
313PROPROLYSLYS2GK175 - 176175 - 176
323LEULEULEULEU3GK177177
333PHEPHEF3SF3S2GK - RA178 - 266178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細heterodimer of small and large subunit

-
要素

-
Periplasmic [NiFe] hydrogenase ... , 2種, 12分子 ABCDFGHIJKMN

#1: タンパク質
Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / NiFe hydrogenlyase small chain


分子量: 28305.279 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
細胞内の位置: periplasm / 株: wild type / 参照: UniProt: P18187, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質
Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / NiFe hydrogenlyase large chain


分子量: 59729.312 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
細胞内の位置: periplasm / 株: wild type / 参照: UniProt: P18188, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1922分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.3
詳細: PEG 6000, MES buffer, glycerol, Tris-HCL, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.30

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月14日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 233855 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Rsym value: 0.209 / % possible all: 61.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YQW

1yqw


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.18 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: IN ADDITION TLS PARAMETERS WERE REFINED FOR THE INDIVIDUAL SUBUNITS. FOR ONE OF THE SIX HYDROGENASE HETERODIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT (SEGID G AND N) TWO OVERLAPPING MOLECULAR REPLACEMENT ...詳細: IN ADDITION TLS PARAMETERS WERE REFINED FOR THE INDIVIDUAL SUBUNITS. FOR ONE OF THE SIX HYDROGENASE HETERODIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT (SEGID G AND N) TWO OVERLAPPING MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTIONS WERE FOUND. DURING REFINEMENT THEIR OCCUPANCIES WERE OPTIMIZED TO 0.59 AND 0.41, RESPECTIVELY. THE FIRST CONFORMER IS INCLUDED, TOGETHER WITH THE FIVE OTHER HYDROGENASE MOLECULES, AS MODEL 1. THE SECOND ONE AS MODEL 2, AGAIN INCLUDING THE FIVE OTHER HYDROGENASE MOLECULES (THESE ARE IDENTICAL TO THE ONES IN MODEL 1). THE TWO CONFORMERS WERE REFINED WITH TIGHT NON- CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY RESTRAINTS (SEE REMARK 3) OTHER REFINEMENT REMARKS For Model 2, TlS groups 1-10 are the same as for Model 1. Chains N and G are different in Model 2 according to below: TLS GROUP : 11 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 2 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI RESIDUE RANGE : G 3 G 264 RESIDUE RANGE : G 265 G 267 RESIDUE RANGE : 5268 5322 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 131.4780 -38.2890 38.8970 T TENSOR T11: 0.2569 T22: 0.2308 T33: 0.4163 T12: 0.0494 T13: 0.2805 T23: -0.0375 L TENSOR L11: 1.3547 L22: 1.7758 L33: 3.2247 L12: -0.2851 L13: 0.1621 L23: 0.3422 S TENSOR S11: 0.0326 S12: 0.0717 S13: -0.1022 S21: 0.0655 S22: -0.0055 S23: -0.0258 S31: 0.2899 S32: 0.4537 S33: -0.0271 TLS GROUP : 12 NUMBER OF COMPONENTS GROUP : 2 COMPONENTS C SSSEQI TO C SSSEQI RESIDUE RANGE : N 5 N 549 RESIDUE RANGE : N 550 N 553 RESIDUE RANGE : 5554 5679 ORIGIN FOR THE GROUP (A): 112.1110 -24.7590 42.5650 T TENSOR T11: 0.3226 T22: 0.1431 T33: 0.4052 T12: 0.0067 T13: 0.2573 T23: -0.0306 L TENSOR L11: 0.5751 L22: 0.8994 L33: 2.1004 L12: 0.0846 L13: -0.3204 L23: -0.2637 S TENSOR S11: 0.0046 S12: 0.0836 S13: 0.0156 S21: -0.1287 S22: 0.0811 S23: -0.0461 S31: -0.1311 S32: -0.1867 S33: -0.0857
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 11803 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 233638 87.6 %-
all-233638 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3 Å20 Å21.21 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36776 0 192 1886 38854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02144467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3391.95960329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3255629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.26541
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0233598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.219586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.22470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3230.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.151.528086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.666245028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.076216381
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.846315112
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11N4154tight positional0.020.02
22G1309tight positional0.020.02
33G360tight positional0.010.02
33G371medium positional0.130.2
11N146loose positional0.775
33G4loose positional0.95
11N4154tight thermal0.080.5
22G1309tight thermal0.070.5
33G360tight thermal0.060.5
33G371medium thermal0.673
11N146loose thermal1.4410
33G4loose thermal1.1410
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 1100 -
Rwork0.207 19841 -
obs--65.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25130.3794-0.38661.4145-0.03981.07670.0771-0.09830.201-0.0172-0.04340.2146-0.2371-0.0398-0.03370.0923-0.0119-0.02340.1025-0.05210.176516.13523.00185.889
20.72450.1041-0.12620.9762-0.01510.8537-0.043-0.0127-0.0699-0.16280.02610.05550.0633-0.03120.01690.0552-0.0161-0.04210.0977-0.01140.141520.3911.54276.124
30.97290.1188-0.14450.76710.09861.8021-0.12610.021-0.2473-0.1079-0.0244-0.17570.44940.27850.15050.2220.06070.05750.1953-0.01520.297967.521-38.08338.713
40.76410.1139-0.2540.7693-0.24171.4316-0.11360.1085-0.065-0.08560.04510.0330.1375-0.17710.06850.0806-0.0353-0.0420.151-0.03270.149848.075-24.58842.328
50.7509-0.2325-0.37451.58980.35541.91160.04660.0252-0.06240.0529-0.0672-0.18620.16460.25280.02050.07430.0047-0.08270.15490.02990.131145.80914.1229.866
60.7814-0.0895-0.15371.36850.0521.30180.11560.21590.0626-0.2199-0.14840.0222-0.1115-0.03870.03280.10350.0441-0.07330.17510.01520.13534.32827.18513.405
71.05830.1524-0.6320.64770.06351.66160.02160.00740.1204-0.060.02190.0419-0.1185-0.0152-0.04350.03070.0038-0.06380.0597-0.00650.132580.80322.84386.841
80.59120.1322-0.19280.7388-0.16851.3864-0.07220.0382-0.0509-0.14760.03090.02280.38960.02820.04130.15780.0044-0.040.0725-0.01170.119785.2481.53477.031
91.0073-0.0931-1.02370.87170.24952.4429-0.005-0.145-0.05940.020.0575-0.13520.30990.3701-0.05250.13630.0309-0.05270.1813-0.0150.1567110.39714.54230.492
101.1028-0.1552-0.77940.8310.2441.92880.230.30490.1686-0.1506-0.0530.0127-0.1808-0.2861-0.1770.11290.0364-0.01730.19690.02040.193398.20926.79514.006
111.64960.53920.06321.38540.90861.53580.03720.0414-0.67950.09760.1357-0.53040.42170.2762-0.1730.1825-0.0033-0.05690.2174-0.10220.5799129.524-40.12436.978
122.10511.17840.51161.92040.60810.935-0.0974-0.0165-0.1321-0.04170.0948-0.0397-0.0214-0.15670.00260.0774-0.0509-0.05050.1518-0.01330.1014112.159-24.55742.201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 2643 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1AY - AA265 - 2671
3X-RAY DIFFRACTION1AWA268 - 3921 - 120
4X-RAY DIFFRACTION2HB5 - 5495 - 549
5X-RAY DIFFRACTION2HBA - S550 - 5531
6X-RAY DIFFRACTION2HCB554 - 7921 - 339
7X-RAY DIFFRACTION3BC3 - 2643 - 264
8X-RAY DIFFRACTION3BCA - EA265 - 2671
9X-RAY DIFFRACTION3BXA1268 - 13471 - 72
10X-RAY DIFFRACTION4ID5 - 5495 - 549
11X-RAY DIFFRACTION4IFA - T550 - 5531
12X-RAY DIFFRACTION4IDB565 - 77112 - 218
13X-RAY DIFFRACTION5CE5 - 2645 - 264
14X-RAY DIFFRACTION5CGA - IA265 - 2671
15X-RAY DIFFRACTION5CYA2268 - 23863 - 114
16X-RAY DIFFRACTION6JF6 - 5496 - 549
17X-RAY DIFFRACTION6JJA - U550 - 5531
18X-RAY DIFFRACTION6JEB565 - 76012 - 207
19X-RAY DIFFRACTION7DG3 - 2643 - 264
20X-RAY DIFFRACTION7DKA - MA265 - 2671
21X-RAY DIFFRACTION7DZA3268 - 342296 - 148
22X-RAY DIFFRACTION8KH6 - 5496 - 549
23X-RAY DIFFRACTION8KNA - V550 - 5531
24X-RAY DIFFRACTION8KFB566 - 80613 - 253
25X-RAY DIFFRACTION9FI5 - 2645 - 264
26X-RAY DIFFRACTION9FOA - QA265 - 2671
27X-RAY DIFFRACTION9FAB4270 - 43821 - 105
28X-RAY DIFFRACTION10MJ5 - 5495 - 549
29X-RAY DIFFRACTION10MRA - W550 - 5531
30X-RAY DIFFRACTION10MGB568 - 73615 - 183
31X-RAY DIFFRACTION11GK3 - 2643 - 264
32X-RAY DIFFRACTION11GSA - UA265 - 2671
33X-RAY DIFFRACTION11GBB5268 - 53221 - 53
34X-RAY DIFFRACTION12NL5 - 5495 - 549
35X-RAY DIFFRACTION12NVA - X550 - 5531
36X-RAY DIFFRACTION12NHB559 - 6916 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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