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- PDB-1yqw: Structure of the Oxidized Unready Form of Ni-Fe Hydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yqw
タイトルStructure of the Oxidized Unready Form of Ni-Fe Hydrogenase
要素(Periplasmic [NiFe] hydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NI-FE HYDROGENASE UNREADY STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space / electron transfer activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / : / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / Irregular / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / : / NICKEL (II) ION / PEROXIDE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Volbeda, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural differences between the ready and unready oxidized states of [NiFe] hydrogenases.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Int.J.Hydrogen Energy / 年: 2002
タイトル: High-Resolution Crystallographic Analysis of Desulfovibrio Fructosovorans [NiFe] Hydrogenase
著者: Volbeda, A. / Montet, Y. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Fontecilla-Camps, J.C.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Gas Access to the Active Site of Ni-Fe Hydrogenases Probed by X-Ray Crystallography and Molecular Dynamics
著者: Montet, Y. / Amara, P. / Volbeda, A. / Vernede, X. / Hatchikian, E.C. / Field, M.J. / Frey, M. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2005年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32011年8月31日Group: Database references
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年11月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
Q: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
B: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
R: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
C: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
S: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,72648
ポリマ－264,1826
非ポリマー5,54442
水33,2921848
1
A: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
Q: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,09619
ポリマ－88,0612
非ポリマー2,03617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10760 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
R: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,01117
ポリマ－88,0612
非ポリマー1,95015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA, PQS
3
C: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit
S: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,61812
ポリマ－88,0612
非ポリマー1,55810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.410, 99.700, 182.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細heterodimer of small and large subunit

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要素

-
Periplasmic [NiFe] hydrogenase ... , 2種, 6分子 ABCQRS

#1: タンパク質 Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / NiFe hydrogenlyase small chain


分子量: 28347.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
細胞内の位置: periplasm / 株: wild type / 参照: UniProt: P18187, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質 Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / NiFe hydrogenlyase large chain


分子量: 59713.312 Da / 分子数: 3 / Mutation: S499A / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
細胞内の位置: periplasm / 株: wild type / 参照: UniProt: P18188, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 10種, 1890分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#11: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 6000, glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.954 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1998年4月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→35 Å / Num. all: 169544 / Num. obs: 169544 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.06 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 3.01 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.255 / % possible all: 68.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
CCP4データ削減
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
ProDCデータ収集
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FRF

1frf


解像度: 1.83→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.504 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: use of TLS parameters for large subunits + N-terminal and C-terminal domains of small subunits
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18467 8483 5 %RANDOM
Rwork0.14628 ---
all0.14821 168613 --
obs0.14821 160130 83.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.5 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å20 Å21.18 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18394 0 211 1848 20453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02219175
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.96825974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.49952411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02124.395769
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.446153017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2431573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.29965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.213059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.21835
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.646212366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.082319315
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69937779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.51246578
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.911 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 837 -
Rwork0.198 16160 -
obs--69.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6512-0.0705-0.31050.52410.04650.99740.00910.00070.08470.05080.0243-0.0289-0.10560.0178-0.03340.0262-0.0009-0.05210.0110.00450.078812.47214.7364.913
20.3633-0.0286-0.04180.5650.12010.6115-0.0253-0.0165-0.03890.12430.0163-0.01230.11550.00130.0090.04850.0044-0.04150.02130.00930.07218.204-6.90314.73
30.6091-0.1256-0.10750.5911-0.02120.9842-0.0791-0.0291-0.13930.09940.01260.16210.1444-0.14340.06650.0868-0.01080.02230.1120.01860.1766-38.8-46.19252.496
40.3958-0.0799-0.06250.49920.10030.7245-0.0436-0.0609-0.00170.07080.0534-0.0288-0.00610.1011-0.00980.05060.0179-0.03530.09990.00720.0952-19.011-33.02249.199
50.59790.1527-0.25251.053-0.011.5330.0318-0.021-0.05990.0615-0.08080.15460.1969-0.23080.0490.1028-0.0231-0.02730.1063-0.02720.1082-16.375.70961.322
60.46630.0858-0.19641.03640.1371.42160.0712-0.16040.04930.2157-0.08470.0001-0.00860.08070.01350.1179-0.0149-0.04190.1314-0.02010.0868-4.84919.21377.52
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1A268 - 270
3X-RAY DIFFRACTION1A271 - 475
4X-RAY DIFFRACTION1Q565 - 568
5X-RAY DIFFRACTION2Q6 - 549
6X-RAY DIFFRACTION2A535 - 540
7X-RAY DIFFRACTION2Q572 - 941
8X-RAY DIFFRACTION3B3 - 264
9X-RAY DIFFRACTION3B1011 - 1165
10X-RAY DIFFRACTION3R1020 - 1111
11X-RAY DIFFRACTION4R6 - 549
12X-RAY DIFFRACTION4R1301 - 1303
13X-RAY DIFFRACTION4Q1034
14X-RAY DIFFRACTION4R1304 - 1308
15X-RAY DIFFRACTION4B1313 - 1626
16X-RAY DIFFRACTION4C271
17X-RAY DIFFRACTION5C5 - 264
18X-RAY DIFFRACTION5Q1035 - 1037
19X-RAY DIFFRACTION5C272 - 411
20X-RAY DIFFRACTION5R2039
21X-RAY DIFFRACTION5S2024 - 2155
22X-RAY DIFFRACTION6S6 - 549
23X-RAY DIFFRACTION6S2301
24X-RAY DIFFRACTION6S2311 - 2541
25X-RAY DIFFRACTION6C448 - 449

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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