PDB-1yq9: Structure of the unready oxidized form of [NiFe] hydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yq9

タイトル

Structure of the unready oxidized form of [NiFe] hydrogenase

要素

(Periplasmic [NiFe] hydrogenase ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-c3 hydrogenase / cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio gigas (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural differences between the ready and unready oxidized states of [NiFe] hydrogenases.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Cavazza, C. / Matho, M. / Faber, B.W. / Roseboom, W. / Albracht, S.P. / Garcin, E. / Rousset, M. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2005年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yq9.cif.gz	331.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yq9.ent.gz	264.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yq9_validation.pdf.gz	531.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yq9_full_validation.pdf.gz	558.5 KB	表示
XML形式データ	1yq9_validation.xml.gz	62.2 KB	表示
CIF形式データ	1yq9_validation.cif.gz	87.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yqwC 1yrqC 2frvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ubm-d 4ucx-1 1yqw-1 1yqw-2 3cur-2 4uqp-2 4ucw-1 4ue2-3 1wuk-d 4ueq-2 4ud6-1 4ud2-2 4urh-1 1wul-d 4uew-3 1yrq-5 1ubt-d 1e3d-1 1ubo-d 4u9h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (18) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

H: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

B: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

I: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

H: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit

I: Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.750, 93.440, 69.030
Angle α, β, γ (deg.)	89.33, 102.41, 90.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	SER	SER	A	A	15 - 23	15 - 23
2	1	1	ALA	ALA	SER	SER	B	C	15 - 23	15 - 23
3	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	73 - 75	73 - 75
4	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	B	C	73 - 75	73 - 75
5	3	1	ILE	ILE	ALA	ALA	A	A	109 - 113	109 - 113
6	3	1	ILE	ILE	ALA	ALA	B	C	109 - 113	109 - 113
7	4	1	GLY	GLY	GLN	GLN	A	A	116 - 119	116 - 119
8	4	1	GLY	GLY	GLN	GLN	B	C	116 - 119	116 - 119
9	5	1	GLY	GLY	PRO	PRO	A	A	147 - 150	147 - 150
10	5	1	GLY	GLY	PRO	PRO	B	C	147 - 150	147 - 150
11	6	1	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	184	184
12	6	1	VAL	VAL	VAL	VAL	B	C	184	184
13	7	1	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	220 - 221	220 - 221
14	7	1	LYS	LYS	GLY	GLY	B	C	220 - 221	220 - 221
15	8	1	THR	THR	THR	THR	A	A	224	224
16	8	1	THR	THR	THR	THR	B	C	224	224
17	9	1	ASN	ASN	PRO	PRO	A	A	226 - 229	226 - 229
18	9	1	ASN	ASN	PRO	PRO	B	C	226 - 229	226 - 229
19	10	1	PHE	PHE	PHE	PHE	A	A	233	233
20	10	1	PHE	PHE	PHE	PHE	B	C	233	233
21	11	1	TRP	TRP	VAL	VAL	A	A	238 - 240	238 - 240
22	11	1	TRP	TRP	VAL	VAL	B	C	238 - 240	238 - 240
23	12	1	PRO	PRO	SER	SER	A	A	245 - 250	245 - 250
24	12	1	PRO	PRO	SER	SER	B	C	245 - 250	245 - 250
25	13	1	PHE	PHE	TRP	TRP	A	A	254 - 255	254 - 255
26	13	1	PHE	PHE	TRP	TRP	B	C	254 - 255	254 - 255
27	14	1	F3S	F3S	SF4	SF4	A	F - G	266 - 267
28	14	1	F3S	F3S	SF4	SF4	B	U - V	266 - 267
1	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	H	B	17 - 19	17 - 19
2	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	I	D	17 - 19	17 - 19
3	2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	H	B	43	43
4	2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	I	D	43	43
5	3	2	GLU	GLU	GLU	GLU	H	B	46	46
6	3	2	GLU	GLU	GLU	GLU	I	D	46	46
7	4	2	THR	THR	ALA	ALA	H	B	61 - 73	61 - 73
8	4	2	THR	THR	ALA	ALA	I	D	61 - 73	61 - 73
9	5	2	ALA	ALA	ALA	ALA	H	B	75	75
10	5	2	ALA	ALA	ALA	ALA	I	D	75	75
11	6	2	MET	MET	MET	MET	H	B	100	100
12	6	2	MET	MET	MET	MET	I	D	100	100
13	7	2	GLN	GLN	GLN	GLN	H	B	103	103
14	7	2	GLN	GLN	GLN	GLN	I	D	103	103
15	8	2	ASP	ASP	HIS	HIS	H	B	107 - 108	107 - 108
16	8	2	ASP	ASP	HIS	HIS	I	D	107 - 108	107 - 108
17	9	2	LEU	LEU	LEU	LEU	H	B	115	115
18	9	2	LEU	LEU	LEU	LEU	I	D	115	115
19	10	2	LYS	LYS	LYS	LYS	H	B	216	216
20	10	2	LYS	LYS	LYS	LYS	I	D	216	216
21	11	2	HIS	HIS	HIS	HIS	H	B	219	219
22	11	2	HIS	HIS	HIS	HIS	I	D	219	219
23	12	2	GLN	GLN	GLN	GLN	H	B	221	221
24	12	2	GLN	GLN	GLN	GLN	I	D	221	221
25	13	2	GLU	GLU	GLU	GLU	H	B	321	321
26	13	2	GLU	GLU	GLU	GLU	I	D	321	321
27	14	2	TYR	TYR	TYR	TYR	H	B	328	328
28	14	2	TYR	TYR	TYR	TYR	I	D	328	328
29	15	2	THR	THR	THR	THR	H	B	341	341
30	15	2	THR	THR	THR	THR	I	D	341	341
31	16	2	MET	MET	LYS	LYS	H	B	357 - 358	357 - 358
32	16	2	MET	MET	LYS	LYS	I	D	357 - 358	357 - 358
33	17	2	VAL	VAL	VAL	VAL	H	B	369	369
34	17	2	VAL	VAL	VAL	VAL	I	D	369	369
35	18	2	VAL	VAL	HIS	HIS	H	B	459 - 468	459 - 468
36	18	2	VAL	VAL	HIS	HIS	I	D	459 - 468	459 - 468
37	19	2	PHE	PHE	THR	THR	H	B	480 - 487	480 - 487
38	19	2	PHE	PHE	THR	THR	I	D	480 - 487	480 - 487
39	20	2	ASN	ASN	LEU	LEU	H	B	489 - 490	489 - 490
40	20	2	ASN	ASN	LEU	LEU	I	D	489 - 490	489 - 490
41	21	2	TYR	TYR	HIS	HIS	H	B	527 - 536	527 - 536
42	21	2	TYR	TYR	HIS	HIS	I	D	527 - 536	527 - 536
43	22	2	FCO	FCO	MG	MG	H	O - N	537 - 540
44	22	2	FCO	FCO	MG	MG	I	AA - Z	537 - 540

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a heterodimer, two copies of which are in the asymmetric unit

-
Periplasmic [NiFe] hydrogenase ... , 2種, 4分子 ABHI

#1: タンパク質	Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / NiFe hydrogenlyase small chain 分子量: 28351.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア) / 細胞内の位置: periplasm / 株: wild type / 参照: UniProt: P12943, cytochrome-c3 hydrogenase
#2: タンパク質	Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit / NiFe hydrogenlyase large chain 分子量: 59657.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア) / 細胞内の位置: periplasm / 株: wild type / 参照: UniProt: P12944, cytochrome-c3 hydrogenase

-
非ポリマー , 9種, 540分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#10: 化合物	ChemComp-PER / PEROXIDE ION 分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.3 詳細: PEG8000, sodium chloride, N,N-dimethyl dodecylamine N-oxide, glycerol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.30

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月26日
放射	モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.8 Å / Num. obs: 58639 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.6 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.45 Å / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.501	データ抽出
ProDC		データ収集
XDS		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRV

2frv

解像度: 2.35→13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USE OF TLS PARAMETERS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	2962	5.1 %	RANDOM
R_work	0.132	-	-	-
obs	0.135	58485	92.2 %	-
all	-	61447	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.37 Å²	-1.11 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.13 Å²	0.9 Å²
3-	-	-	-2.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12237	0	114	515	12866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	12732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.088	1.944	17258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.397	5	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.337	24.079	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.933	15	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.189	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9663
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.2	8549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.282	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.157	1.5	8071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.473	2	12638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.969	2	5333
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.52	3	4566
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	326	tight positional	0.06	0.2
2	H	505	tight positional	0.09	0.2
1	A	326	tight thermal	0.34	1
2	H	505	tight thermal	0.41	1

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.45 Å / Total num. of bins used: 12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	321	-
R_work	0.134	5612	-
obs	-	-	78.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6345	-0.111	0.3724	0.7022	-0.3518	1.7333	0.0486	-0.0474	-0.1371	-0.0709	0.0239	0.117	0.1584	-0.0708	-0.0725	0.0579	-0.0057	-0.0357	0.0582	-0.0122	0.1274	19.026	76.825	48.693
2	0.4494	-0.1431	0.1339	0.6852	-0.2597	1.3222	-0.0127	-0.0268	0.0586	0.0635	-0.0027	0.01	-0.3329	0.0871	0.0155	0.1245	-0.0206	-0.0066	0.0785	-0.0229	0.1012	25.725	99.597	51.667
3	1.0486	0.0221	-0.0724	1.987	-0.7147	1.336	-0.1617	-0.1416	-0.1132	0.3973	0.213	0.2827	-0.1676	-0.1965	-0.0513	0.0931	0.1033	0.0589	0.1469	0.0085	0.1372	-13.332	59.439	25.144
4	1.033	-0.0973	-0.0914	1.7898	-0.6404	1.2001	-0.1557	-0.0943	-0.3305	0.1213	0.0586	-0.1602	0.169	0.146	0.0971	0.0751	0.0692	0.0413	0.1153	-0.0044	0.2326	2.909	42.074	21.917

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 264
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	265 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	264
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1268 - 1273
5	X-RAY DIFFRACTION	2	H	7 - 536
6	X-RAY DIFFRACTION	2	H	537 - 540
7	X-RAY DIFFRACTION	2	H	1541 - 1544
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	5 - 264
9	X-RAY DIFFRACTION	3	B	265 - 267
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2268
11	X-RAY DIFFRACTION	4	I	7 - 536
12	X-RAY DIFFRACTION	4	I	537 - 540
13	X-RAY DIFFRACTION	4	I	2541

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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