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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yq8 | ||||||
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タイトル | PRD1 vertex protein P5 | ||||||
![]() | Minor capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / beta-spiral beta-jelly-roll | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merckel, M.C. / Huiskonen, J.T. / Goldman, A. / Bamford, D.H. / Tuma, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of the bacteriophage PRD1 spike sheds light on the evolution of viral capsid architecture. 著者: Merckel, M.C. / Huiskonen, J.T. / Bamford, D.H. / Goldman, A. / Tuma, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 44.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a trimer generated from the chain A in the asymmetric unit by the operations: -Y,X-Y,Z and Y-X,-X,Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19385.850 Da / 分子数: 1 / 断片: P5CdelG8, residues 142-340 / 変異: deletion mutant / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Tectivirus / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris HCL, MgCl2, PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: Confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→44.4 Å / Num. all: 7251 / Num. obs: 7238 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.83 Å / % possible all: 96.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.4 Å
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拘束条件 |
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