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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yq6 | ||||||
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タイトル | PRD1 vertex protein P5 | ||||||
要素 | Minor capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / beta-spiral / beta-jelly-roll | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage PRD1 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Merckel, M.C. / Huiskonen, J.T. / Goldman, A. / Bamford, D.H. / Tuma, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: The structure of the bacteriophage PRD1 spike sheds light on the evolution of viral capsid architecture. 著者: Merckel, M.C. / Huiskonen, J.T. / Bamford, D.H. / Goldman, A. / Tuma, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yq6.cif.gz | 83.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yq6.ent.gz | 68.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1yq6_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1yq6_full_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1yq6_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1yq6_validation.cif.gz | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yq/1yq6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a trimer. The asymmetric unit contins one biological unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14594.293 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 197-340 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage PRD1 (ファージ) 属: Tectivirus / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22536 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Na-formate, Na-acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 64119 / Num. obs: 64119 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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