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万見
- PDB-1ynt: Structure of the monomeric form of T. gondii SAG1 surface antigen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ynt
タイトルStructure of the monomeric form of T. gondii SAG1 surface antigen bound to a human Fab
要素
  • 4F11E12 Fab variable heavy chain region
  • 4F11E12 Fab variable light chain region
  • Major surface antigen p30
  • protein L
キーワードIMMUNE SYSTEM / Toxoplasma gondii / recombinant SAG1 / conformational epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-containing vacuole / IgG binding / immunoglobulin binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
SRS domain / Protozoan surface antigen, SAG1 family / SRS domain / SRS domain / SRS domain superfamily / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding ...SRS domain / Protozoan surface antigen, SAG1 family / SRS domain / SRS domain / SRS domain superfamily / Protein G-related albumin-binding (GA) module / Extracellular matrix-binding protein ebh, GA module / GA module / GA module / Protein L, Ig light chain-binding / Protein L b1 domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Major surface antigen p30 / Protein L
類似検索 - 構成要素
生物種Finegoldia magna (バクテリア)
Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Graille, M. / Stura, E.A. / Bossus, M. / Muller, B.H. / Letourneur, O. / Battail-Poirot, N. / Sibai, G. / Rolland, D. / Le Du, M.H. / Ducancel, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the complex between the monomeric form of Toxoplasma gondii surface antigen 1 (SAG1) and a monoclonal antibody that mimics the human immune response
著者: Graille, M. / Stura, E.A. / Bossus, M. / Muller, B.H. / Letourneur, O. / Battail-Poirot, N. / Sibai, G. / Gauthier, M. / Rolland, D. / Le Du, M.H. / Ducancel, F.
履歴
登録2005年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月3日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _audit_author.name / _struct.title
改定 1.52019年12月4日Group: Advisory / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.62023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F11E12 Fab variable light chain region
B: 4F11E12 Fab variable heavy chain region
C: 4F11E12 Fab variable light chain region
D: 4F11E12 Fab variable heavy chain region
E: protein L
F: Major surface antigen p30
G: Major surface antigen p30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5489
ポリマ－154,3237
非ポリマー2252
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.034, 198.285, 128.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a Fab - antigen complex. Two are present in the asymetric unit

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要素

#1: 抗体 4F11E12 Fab variable light chain region


分子量: 23577.820 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 4F11E12 Fab variable heavy chain region


分子量: 23568.344 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 protein L


分子量: 6750.485 Da / 分子数: 1 / 断片: domain C* / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Finegoldia magna (バクテリア) / 株: ATCC 29328 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM103 / 参照: UniProt: Q51918*PLUS
#4: タンパク質 Major surface antigen p30 / SAG1 protein


分子量: 26640.217 Da / 分子数: 2 / 断片: residues in database 50-303 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
プラスミド: pTG8639 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P13664
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.985123 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 11
詳細: 15% polyethylene glycol 3350, 0.25M NaCl, 150mM CAPS, pH 11, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月29日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 32176 / Num. obs: 31886 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.241
反射 シェル解像度: 3.1→3.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.497 / Num. unique all: 2608 / Χ2: 0.866 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB codes: 1F11, 1KB5, 1KZQ

1f11

1kb5

1kzq


解像度: 3.1→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1534 4.8 %
Rwork0.241 --
all-30981 -
obs-30981 96.7 %
原子変位パラメータBiso mean: 10 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.613 Å20 Å20 Å2
2---9.251 Å20 Å2
3---20.864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10800 0 2 0 10802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.535

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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