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- PDB-1yng: NMR structure of the apoB mRNA stem-loop and its interaction with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yng
タイトルNMR structure of the apoB mRNA stem-loop and its interaction with the C to U editing APOBEC1 complementary factor
要素apolipoprotein B mRNA
キーワードRNA / RNA editing / apoB mRNA / APOBEC1 / ACF / NMR structure
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / CYANA, AMBER7
データ登録者Maris, C. / Masse, J. / Allain, F.H. / Chester, A. / Navaratnam, N.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2005
タイトル: NMR structure of the apoB mRNA stem-loop and its interaction with the C to U editing APOBEC1 complementary factor.
著者: Maris, C. / Masse, J. / Chester, A. / Navaratnam, N. / Allain, F.H.
履歴
登録2005年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE This entry 1YNG has edited RNA with U6666 in syn conformation. The edited apoB mRNA ...SEQUENCE This entry 1YNG has edited RNA with U6666 in syn conformation. The edited apoB mRNA sequence leading to the truncated protein has the same accession number since it comes from the same gene. The numbering starts at 6656 on the apoB mRNA sequence but for experimental reason the first and last two nucleotides GG and CC were added, which do not belong to the native sequence, the number starts at 6654.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: apolipoprotein B mRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8921
ポリマ－9,8921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 50back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデルモデル #8closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 apolipoprotein B mRNA / apoB mRNA


分子量: 9891.871 Da / 分子数: 1 / 断片: Editing site of APOBEC-1 enzyme / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro T7 polymerase transcription. The sequence of this RNA naturally exists in Homo sapiens (human).
参照: GenBank: 4502152

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1323D 13C-separated NOESY
141DQF-COSY
252HNN-COSY
162(H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM edited apoB RNA SL31;10 mM NaH2HPO4 adjusted at pH 5.8; Natural abundance labeling; 90% H2O, 10% D2O and only 99.98% D2O90% H2O, 10% D2O and only 99.98% D2O
21.5 mM edited apoB RNA SL31; 10 mM NaH2HPO4 adjusted at pH 5.8; full 15N&C13 labeling; 90% H2O, 10% D2O and only 99.98% D2O90% H2O, 10% D2O and only 99.98% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
110 mM Na2HPO4 5.8 1 atm313 K
210 mM Na2HPO4 5.8 1 atm278 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guentert, P.構造決定
XwinNMR2004Brukercollection
Sparky2002Goddard, T. D. and Kneller, D. G.データ解析
X-EASY2001Bartels, C.データ解析
Amber7Ponder, J.W. and Case, D.A.精密化
精密化手法: CYANA, AMBER7 / ソフトェア番号: 1 / 詳細: calculation in vacuum condition
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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