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- PDB-1ynd: Structure of human cyclophilin A in complex with the novel immuno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ynd
タイトルStructure of human cyclophilin A in complex with the novel immunosuppressant sanglifehrin A at 1.6A resolution
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードISOMERASE / beta sandwich / cyclophilin-ligand complex / cyclosporin / rotamase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SANGLIFEHRIN A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kallen, J. / Sedrani, R. / Zenke, G. / Wagner, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structure of human cyclophilin A in complex with the novel immunosuppressant sanglifehrin A at 1.6 A resolution.
著者: Kallen, J. / Sedrani, R. / Zenke, G. / Wagner, J.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Sanglifehrin-Cyclophilin Interaction: Degradation Work, Synthetic Macrocyclic Analogues, X-ray Crystal Structure, and Binding Data
著者: Sedrani, R. / Kallen, J. / Cabrejas, L.M. / Papageorgiou, C.D. / Senia, F. / Rohrbach, S. / Wagner, D. / Thai, B. / Jutzi-Erne, A.M. / France, J.
履歴
登録2005年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2544
ポリマ－36,0732
非ポリマー2,1812
水6,521362
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1272
ポリマ－18,0371
非ポリマー1,0901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1272
ポリマ－18,0371
非ポリマー1,0901
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.600, 65.400, 76.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase / Rotamase / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein


分子量: 18036.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / プラスミド: modified pkk 223-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物 ChemComp-SFA / SANGLIFEHRIN A / (3S,6S,9R,10R,11S,12S,13E,15E,18S,21S)-18-{(1E,3E,7S,8S)-9-[(2S,3R,4S,5S,6R,9S,11S)-9-ETHYL-4-HYDROXY-3,5,11-TRIMETHYL- 8-OXO-1-OXA-7-AZASPIRO[5.5]UNDEC-2-YL]-8-HYDROXY-1,7-DIMETHYLNONA-1,3-DIENYL}-10,12-DIHYDROXY-3-(3-HYDROXYBENZYL)-6-ISOP ROPYL-11-METHYL-9-(3-OXOBUTYL)-19-OXA-1,4,7,25-TETRAAZABICYCLO[19.3.1]PENTACOSA-13,15-DIENE-2,5,8,20-TETRONE


分子量: 1090.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C60H91N5O13
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Mg acetate, Na cacodylate, PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. obs: 41593 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4102 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CWA

1cwa


解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.205 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18461 2096 5 %RANDOM
Rwork0.16332 ---
all0.1644 39452 --
obs0.1644 39452 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.282 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2516 0 156 362 3034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1832.0063680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69435324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5833326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72915464
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023012
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.3430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.32122
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.5259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0250.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2720.331
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6481.51606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26322560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77831130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8494.51120
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.238 136
Rwork0.227 2710
obs-2710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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