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万見
- PDB-1yn8: SH3 domain of yeast NBP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yn8
タイトルSH3 domain of yeast NBP2
要素NAP1-binding protein 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


fungal-type cell wall organization or biogenesis / negative regulation of MAPK cascade / protein-macromolecule adaptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAP1-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kursula, P. / Kursula, I. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of the yeast SH3 domain proteome
著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Zou, P. / Lehmann, F. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2005年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAP1-binding protein 2
B: NAP1-binding protein 2
C: NAP1-binding protein 2
D: NAP1-binding protein 2
E: NAP1-binding protein 2
F: NAP1-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,13416
ポリマ－39,7336
非ポリマー40110
水8,017445
1
A: NAP1-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6221
ポリマ－6,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAP1-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7835
ポリマ－6,6221
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NAP1-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6622
ポリマ－6,6221
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NAP1-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7424
ポリマ－6,6221
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NAP1-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7023
ポリマ－6,6221
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NAP1-binding protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6221
ポリマ－6,6221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.410, 53.300, 57.830
Angle α, β, γ (deg.)111.94, 90.98, 104.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
NAP1-binding protein 2 / Nbp2


分子量: 6622.212 Da / 分子数: 6 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pDEST-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12163
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8128 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8128 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 36727 / Num. obs: 36727 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5686 / Rsym value: 0.335 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.696 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS PARAMETERS REFINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22434 1837 5 %RANDOM
Rwork0.16372 ---
all0.16677 36726 --
obs0.16677 36726 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.14 Å20.01 Å2
2---0.31 Å2-0.05 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2814 0 10 445 3269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022624
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9514159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82436135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3655386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.56525.476168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.1415488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1921514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.22251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.21334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0770.21594
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1570.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2580.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.24821967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3282782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.73333004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8894.51306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.13361155
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 131 -
Rwork0.21 2474 -
obs--94.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.51180.6546-0.52912.54510.91292.54220.0185-0.2239-0.00760.15760.0181-0.0436-0.09780.1056-0.0366-0.1360.00250.0072-0.1137-0.0055-0.125-0.11532.77533.126
20.8619-0.4018-0.0723.54050.37652.30550.02010.04080.0017-0.44330.0280.0734-0.1779-0.1002-0.0481-0.01740.0060.0105-0.13260.0099-0.1183-15.41628.11853.846
32.0102-0.69210.1063.38540.47282.84380.020.0377-0.0078-0.23060.0072-0.01490.01950.0424-0.0272-0.10950.01240.0044-0.1335-0.0076-0.1294-15.36947.9264.699
41.95940.61390.15692.2149-1.04873.52390.1404-0.01920.05710.13650.04450.07020.0408-0.0414-0.1849-0.1148-0.00670.0128-0.1315-0.0027-0.12111.65843.96182.038
51.7826-0.3144-0.21462.3896-1.04962.10440.01-0.01790.02650.0120.03180.0843-0.0496-0.0877-0.0418-0.14040.0110.0011-0.1345-0.0022-0.1359-16.79814.82669.403
61.1010.57560.32794.28070.33682.2832-0.0343-0.0436-0.02860.34560.10470.09590.0591-0.1243-0.07040.00080.0074-0.021-0.10650.0092-0.1083-16.09623.995-8.928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 591 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 591 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 591 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 591 - 59
5X-RAY DIFFRACTION5EE1 - 591 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6FF1 - 591 - 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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