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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ylu | ||||||
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タイトル | The structure of E. coli nitroreductase with bound acetate, crystal form 2 | ||||||
要素 | Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, with NAD or NADP as acceptor / 6,7-dihydropteridine reductase / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Race, P.R. / Lovering, A.L. / Green, R.M. / Ossor, A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Wrighton, C.J. / Hyde, E.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structural and mechanistic studies of Escherichia coli nitroreductase with the antibiotic nitrofurazone. Reversed binding orientations in different redox states of the enzyme. 著者: Race, P.R. / Lovering, A.L. / Green, R.M. / Ossor, A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Wrighton, C.J. / Hyde, E.I. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001 タイトル: The Structure of Escherichia coli Nitroreductase Complexed with Nicotinic Acid: Three Crystal Forms at 1.7 A, 1.8 A and 2.4 A Resolution 著者: Lovering, A.L. / Hyde, E.I. / Searle, P.F. / White, S.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN LIGANDS 1218-1219 ARE ACCOSIATED WITH CHAIN A. LIGANDS 2218-2219 ARE ACCOSIATED WITH CHAIN B. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ylu.cif.gz | 111.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ylu.ent.gz | 84.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ylu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ylu_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ylu_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ylu_validation.xml.gz | 23.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ylu_validation.cif.gz | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23937.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nfnB, dprA, nfsB, nfsI, ntr / プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38489, 6,7-dihydropteridine reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG4000, ethylene glycol, nicotinic acid, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97626 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→26.93 Å / Num. all: 26207 / Num. obs: 26207 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 3743 / Rsym value: 0.173 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1ICV 解像度: 2→53.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.634 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.381 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→53.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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