PDB-1ylu: The structure of E. coli nitroreductase with bound acetate, cryst...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ylu

タイトル

The structure of E. coli nitroreductase with bound acetate, crystal form 2

要素

Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

機能・相同性

機能・相同性情報

6,7-dihydropteridine reductase / 2,4,6-trinitrotoluene catabolic process / 6,7-dihydropteridine reductase activity / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / 酸化還元酵素 / FMN binding / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Race, P.R. / Lovering, A.L. / Green, R.M. / Ossor, A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Wrighton, C.J. / Hyde, E.I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Structural and mechanistic studies of Escherichia coli nitroreductase with the antibiotic nitrofurazone. Reversed binding orientations in different redox states of the enzyme.
著者: Race, P.R. / Lovering, A.L. / Green, R.M. / Ossor, A. / White, S.A. / Searle, P.F. / Wrighton, C.J. / Hyde, E.I.

履歴

登録	2005年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 600

HETEROGEN LIGANDS 1218-1219 ARE ACCOSIATED WITH CHAIN A. LIGANDS 2218-2219 ARE ACCOSIATED WITH CHAIN B.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ylu.cif.gz	111.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ylu.ent.gz	84.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ylu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ylu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ylu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1ylu_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	1ylu_validation.cif.gz	35.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ykiC 1ylrC 1icvS 1icr 1icu S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1yki-1 1ylr-d 1kqd-2 1icu-2 1ooq-d 1idt-d 3x21-3 1oo6-d 1nec-1 1ds7-d 1yki-2 1oon-d 3x21-4 3x22-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

B: Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.661, 46.940, 53.658
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2284- HOH
2	1	B-2377- HOH

#1: タンパク質	Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase / FMN-dependent nitroreductase / Dihydropteridine reductase 分子量: 23937.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nfnB, dprA, nfsB, nfsI, ntr / プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38489, 6,7-dihydropteridine reductase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG4000, ethylene glycol, nicotinic acid, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→26.93 Å / Num. all: 26207 / Num. obs: 26207 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 15.9 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 3743 / R_sym value: 0.173 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1ICV

1icv

解像度: 2→53.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 3.634 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20312	1302	5 %	RANDOM
R_work	0.14384	-	-	-
obs	0.1467	24904	95.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.381 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→53.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3354	0	72	528	3954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	3497
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.077	1.965	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.752	3	7280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.498	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	808
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.21	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.409	1.5	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.784	2	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.428	3	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.376	4.5	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.236	75
R_work	0.166	1759

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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