PDB-1ylq: Crystal structure of putative nucleotidyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ylq

タイトル

Crystal structure of putative nucleotidyltransferase

要素

putative nucleotidyltransferase, hypothetical protein AF0614

キーワード

TRANSFERASE / nucleotidyltransferase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / nucleotidyltransferase activity / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Polymerase nucleotidyl transferase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.016 Å

データ登録者

Chang, C. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Hypothetical protein AF0614, putative nucleotidyltransferase
著者: Chang, C. / Joachimiak, A. / Skarina, T. / Edwards, A. / Savchenko, A.

履歴

登録	2005年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ylq.cif.gz	54.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ylq.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ylq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ylq_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ylq_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	1ylq_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	1ylq_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5uff-d 3r0e-1 3v2x-d 4qko-3 5t1x-1 3cnh-1 3hti-d 4e71-1 6gz1-d 4q5p-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC5568

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: putative nucleotidyltransferase, hypothetical protein AF0614

B: putative nucleotidyltransferase, hypothetical protein AF0614

ヘテロ分子

23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.350, 38.350, 244.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	putative nucleotidyltransferase, hypothetical protein AF0614 分子量: 11434.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O29641
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: PEG3350, Ammonium Sulphate,B-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	0.97775
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97774, 0.97970

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2004年11月24日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2004年11月24日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	double crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double crystal	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97775	1
2	0.97774	1
3	0.9797	1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 15124 / Num. obs: 14806 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 79.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.016→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.883 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26746	744	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2166	-	-	-
all	0.21916	14755	-	-
obs	0.2166	13974	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.119 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.05 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.016→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1564	0	10	126	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.868	1.962	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.987	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.881	23.25	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.296	15	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.626	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.164	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.268	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.221	1.5	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.865	2	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.025	3	750
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.468	4.5	654

LS精密化シェル

解像度: 2.016→2.068 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	45	-
R_work	0.221	969	-
obs	-	-	99.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4636	-1.3775	1.5625	4.0061	-1.6068	5.6889	-0.0117	0.2058	-0.2956	-0.057	0.0148	-0.0058	-0.024	-0.1681	-0.0031	-0.0156	0.0199	0.0251	-0.0832	0.0075	-0.0897	-5.076	11.7241	29.8362
2	3.1788	-0.4016	2.4409	4.5524	-2.5595	5.6541	0.0415	-0.0991	0.1162	0.1348	-0.0139	0.2027	0.2194	-0.1294	-0.0275	-0.0433	0.0353	-0.0151	-0.0486	-0.0152	-0.0854	-11.5482	22.9822	10.8335
3	2.8628	0.0558	0.7598	4.9964	-1.5363	5.8687	0.0099	0.2725	0.0312	-0.1315	-0.1843	-0.3453	0.0113	0.5529	0.1744	-0.0882	0.022	0.0276	-0.0919	0.0304	-0.0327	4.9746	11.3897	30.8115
4	3.5808	-1.1255	0.5521	3.7452	-1.5923	5.5348	-0.1084	-0.0319	0.307	0.3349	-0.0958	-0.2338	-0.4095	0.2906	0.2043	-0.077	0.0179	-0.0324	-0.1099	-0.0025	-0.0312	-6.7623	31.856	9.8482
5	9.0262	-6.2997	0.8638	5.6704	-1.0912	5.7579	-0.1134	-0.2884	-0.2606	0.4884	0.0999	0.3928	-0.0094	-0.4285	0.0136	0.006	-0.0071	0.0706	-0.0861	0.0328	-0.0574	-10.555	9.6733	39.6006
6	1.0284	-2.2045	2.087	10.899	-1.1129	6.0656	0.186	0.2963	-0.119	-0.478	-0.1323	0.4919	0.4677	-0.0945	-0.0538	-0.0594	0.0403	-0.0606	-0.0033	-0.0515	-0.0431	-16.0559	19.2281	1.0914
7	1.4925	-0.2921	2.4365	1.3427	-4.0532	13.9263	-0.1192	-0.1475	-0.1676	-0.1184	0.0925	0.2898	0.242	-0.5117	0.0267	0.0466	0.0631	-0.0126	-0.0523	0.0022	-0.0314	-12.5887	14.8883	20.308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	66 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	87 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	16 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	35 - 40
7	X-RAY DIFFRACTION	2	B	66 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	2	B	87 - 88
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	41 - 65
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	-1 - 15
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	41 - 65
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-1 - 15
13	X-RAY DIFFRACTION	5	A	72 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	6	B	72 - 83
15	X-RAY DIFFRACTION	7	A	21 - 34
16	X-RAY DIFFRACTION	7	B	21 - 34

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)