+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ylb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR solution structure of the reduced spinach plastocyanin | ||||||
![]() | Plastocyanin, chloroplast | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / plastocyanin / copper(+)-containing / electron-transfer / spinach / photosynthesis / blue-copper protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics + restrained energy minimization + restrained molecular dynamics | ||||||
![]() | Musiani, F. / Dikiy, A. / Semenov, A.Y. / Ciurli, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Intermolecular Complex between Plastocyanin and Cytochrome f from Spinach. 著者: Musiani, F. / Dikiy, A. / Semenov, A.Y. / Ciurli, S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of Spinach Plastocyanin at 1.7A Resolution 著者: Xue, Y. / Okvist, M. / Hansson, O. / Young, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 297.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 297 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10420.557 Da / 分子数: 1 / 断片: Reduced spinach plastocyanin (Residues 70-168) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | 内容: 1-2 mM wild type reduced spinach plastocyanin, 50mM sodium phosphate buffer 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 50 mM sodium phosphate / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics + restrained energy minimization + restrained molecular dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: The structure was calculated using dipolar (NOESY) derived constraints supplemented with phi and psi dihedral angle constraints as well as with hydrogen bond constraints. The mean structure ...詳細: The structure was calculated using dipolar (NOESY) derived constraints supplemented with phi and psi dihedral angle constraints as well as with hydrogen bond constraints. The mean structure of the DYANA family was initially subjected to restrained energy minimization in vacuo and subsequently to restrained molecular dynamics in explicit water medium. For further experimental details please refer to the publication. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: the structure was obtained subjecting the mean structure of the dyana family to the restrained energy minimization and subsequent restrained molecular dynamics | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |