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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yjg | ||||||
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タイトル | Variable Small Protein 1 of Borrelia turicatae (VspA or Vsp1) | ||||||
要素 | Surface protein VspA | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / helical bundle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Borrelia turicatae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Zueckert, W.R. / Yung, B.H. / Barbour, A.G. / Lawson, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006 タイトル: Crystal structure of neurotropism-associated variable surface protein 1 (Vsp1) of Borrelia turicatae. 著者: Lawson, C.L. / Yung, B.H. / Barbour, A.G. / Zuckert, W.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Structural Conservation of Neurotropism-associated VspA within the Variable Vsp-OspC Lipoprotein Family 著者: Zueckert, W.R. / Kerentseva, T.A. / Lawson, C.L. / Barbour, A.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 400 | COMPOUND THIS PROTEIN WAS ORIGINALLY CALLED VARIABLE MEMBRANE PROTEIN A, OR VMPA. IN 2000, WHEN ...COMPOUND THIS PROTEIN WAS ORIGINALLY CALLED VARIABLE MEMBRANE PROTEIN A, OR VMPA. IN 2000, WHEN BORRELIA VMP GENES WERE RECLASSIFIED AS VSP OR VLP GENES, THE PROTEIN NAME WAS REVISED TO VARIABLE SMALL PROTEIN A (VSPA). IN 2002, TO ADDRESS PROBLEMS RELATED TO ALPHABETICAL NAMING OF MORE THAN ONE VSP GENE EXPRESSED AT THE SAME EXPRESSION SITE, THE PROTEIN NAME WAS FURTHER REVISED TO VARIABLE SMALL PROTEIN 1 (VSP1). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yjg.cif.gz | 124.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yjg.ent.gz | 99.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yjg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yj/1yjg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16241.504 Da / 分子数: 4 / 断片: vspA core residues 45-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Borrelia turicatae (バクテリア) / 遺伝子: VspA / プラスミド: pET29b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34000 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 25% (w/v) PEG 4000, 0.1 M LiCl, and 0.1 mM taurine, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月23日 / 詳細: Si Monochromator |
放射 | モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 26408 / Num. obs: 26408 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 26 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2308 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 84.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Partially refined model for VspA 34-214, derived by molecular replacement starting from Borrelia burgdorferi OspC, strain B31 (PDB ID 1GGQ) 解像度: 2.22→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.7 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL Isotropic thermal model: isotropic B factors TLS groups. 4 TLS groups, Each chain = 1 TLS group 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.726 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.222→2.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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