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- PDB-1yjg: Variable Small Protein 1 of Borrelia turicatae (VspA or Vsp1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yjg
タイトルVariable Small Protein 1 of Borrelia turicatae (VspA or Vsp1)
要素Surface protein VspA
キーワードIMMUNE SYSTEM / helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein, type 6 / Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Surface protein VspA
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia turicatae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Zueckert, W.R. / Yung, B.H. / Barbour, A.G. / Lawson, C.L.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of neurotropism-associated variable surface protein 1 (Vsp1) of Borrelia turicatae.
著者: Lawson, C.L. / Yung, B.H. / Barbour, A.G. / Zuckert, W.R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structural Conservation of Neurotropism-associated VspA within the Variable Vsp-OspC Lipoprotein Family
著者: Zueckert, W.R. / Kerentseva, T.A. / Lawson, C.L. / Barbour, A.G.
履歴
登録2005年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 400COMPOUND THIS PROTEIN WAS ORIGINALLY CALLED VARIABLE MEMBRANE PROTEIN A, OR VMPA. IN 2000, WHEN ...COMPOUND THIS PROTEIN WAS ORIGINALLY CALLED VARIABLE MEMBRANE PROTEIN A, OR VMPA. IN 2000, WHEN BORRELIA VMP GENES WERE RECLASSIFIED AS VSP OR VLP GENES, THE PROTEIN NAME WAS REVISED TO VARIABLE SMALL PROTEIN A (VSPA). IN 2002, TO ADDRESS PROBLEMS RELATED TO ALPHABETICAL NAMING OF MORE THAN ONE VSP GENE EXPRESSED AT THE SAME EXPRESSION SITE, THE PROTEIN NAME WAS FURTHER REVISED TO VARIABLE SMALL PROTEIN 1 (VSP1).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface protein VspA
B: Surface protein VspA
D: Surface protein VspA
E: Surface protein VspA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9664
ポリマ－64,9664
非ポリマー00
水3,891216
1
A: Surface protein VspA
B: Surface protein VspA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4832
ポリマ－32,4832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
2
D: Surface protein VspA
E: Surface protein VspA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4832
ポリマ－32,4832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.857, 34.213, 99.386
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
41E
51A
61B
71D
81E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYS2AA57 - 11513 - 71
21SERSERLYSLYS2BB57 - 11513 - 71
31SERSERLYSLYS2DC57 - 11513 - 71
41SERSERLYSLYS2ED57 - 11513 - 71
52ASPASPTHRTHR3AA121 - 18877 - 144
62ASPASPTHRTHR3BB121 - 18877 - 144
72ASPASPTHRTHR3DC121 - 18877 - 144
82ASPASPTHRTHR3ED121 - 18877 - 144

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要素

#1: タンパク質
Surface protein VspA


分子量: 16241.504 Da / 分子数: 4 / 断片: vspA core residues 45-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Borrelia turicatae (バクテリア) / 遺伝子: VspA / プラスミド: pET29b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34000
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 25% (w/v) PEG 4000, 0.1 M LiCl, and 0.1 mM taurine, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月23日 / 詳細: Si Monochromator
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 26408 / Num. obs: 26408 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.93 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.22→2.3 Å / 冗長度: 2.68 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2308 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Partially refined model for VspA 34-214, derived by molecular replacement starting from Borrelia burgdorferi OspC, strain B31 (PDB ID 1GGQ)

1ggq


解像度: 2.22→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.7 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: isotropic B factors TLS groups. 4 TLS groups, Each chain = 1 TLS group
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.413 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26486 1329 5 %RANDOM
Rwork0.20577 ---
all0.20875 26240 --
obs0.20875 25078 95.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å2-1.82 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4508 0 0 216 4724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224520
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9866087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.752310168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.7645622
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2797
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2070.24874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22658
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1950.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9233094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77954930
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06531426
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0551157
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A754tight positional0.140.2
2B754tight positional0.190.2
3D754tight positional0.180.2
4E754tight positional0.160.2
1A501medium positional0.270.5
2B501medium positional0.270.5
3D501medium positional0.290.5
4E501medium positional0.310.5
1A563loose positional0.410
2B563loose positional0.4110
3D563loose positional0.3710
4E563loose positional0.4510
1A754tight thermal3.135
2B754tight thermal2.125
3D754tight thermal2.285
4E754tight thermal2.985
1A501medium thermal3.7915
2B501medium thermal2.6215
3D501medium thermal3.0215
4E501medium thermal3.6115
1A563loose thermal4.9625
2B563loose thermal3.6625
3D563loose thermal2.9425
4E563loose thermal4.5425
LS精密化 シェル解像度: 2.222→2.28 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.289 66
Rwork0.247 1587
obs-1653
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54650.22010.2450.547-0.67281.38810.1119-0.0759-0.0312-0.0717-0.1314-0.0149-0.00290.08380.01950.2380.01890.02460.106-0.00970.15523.778-3.12222.4
21.83610.55441.3940.440.03260.5166-0.0908-0.19380.25190.0045-0.1738-0.1237-0.14180.2140.26460.2197-0.039-0.00190.1530.06020.188717.9073.3329.032
30.65360.2413-0.66661.6208-1.10161.27120.0215-0.02970.0362-0.0743-0.0799-0.16870.00510.06690.05840.2577-0.02190.05750.06450.03610.200424.612.405-18.245
41.5119-0.86880.10461.1995-0.15870.4431-0.00160.22560.2063-0.079-0.0986-0.41360.03810.19650.10020.2361-0.05440.12470.07460.09090.296539.955.142-20.261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA45 - 2011 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2BB45 - 2011 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3DC47 - 2013 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4ED45 - 2011 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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