PDB-1yho: Solution structure of human dihydrofolate reductase complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yho

タイトル

Solution structure of human dihydrofolate reductase complexed with trimethoprim and nadph, 25 structures

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DHFR / Inhibitor-Enzyme complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Polshakov, V.I. / Birdsall, B.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: Solution structure of human dihydrofolate reductase in its complex with trimethoprim and NADPH.
著者: Kovalevskaya, N.V. / Smurnyy, Y.D. / Polshakov, V.I. / Birdsall, B. / Bradbury, A.F. / Frenkiel, T. / Feeney, J.

履歴

登録	2005年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yho.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yho.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yho_validation.pdf.gz	517.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yho_full_validation.pdf.gz	693.4 KB	表示
XML形式データ	1yho_validation.xml.gz	127 KB	表示
CIF形式データ	1yho_validation.cif.gz	128.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/1yho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kms 1kmv 1lud
類似構造データ	6de4-1 3f8y-d 5a5z-2 1hfp-d 3l3r-d 3zj0-d 1u72-d 3d80-d 5wl5-d 3v77-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (13) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (13)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 40	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 21349.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: Pmt702 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NF1 / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TRR / 2,4-DIAMINO-5-(3,4,5-TRIMETHOXY-BENZYL)-PYRIMIDIN-1-IUM 分子量: 291.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉N₄O₃

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D COSY
1	3	1	15N-HSQC
1	4	1	13C-HSQC
1	5	1	13C-NOESY-HSQC
1	6	1	15N-NOESY-HSQC
1	7	1	15N-REJECTED-NOESY
1	8	1	13C-REJECTED-NOESY
1	9	1	HNCA
1	10	1	HNCO
1	11	1	HN(CO)CA
1	12	1	HN(CA)CB
1	13	1	CBCA(CO)NH
1	14	1	HBHA(CO)NH
1	15	1	(H)CCH-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: Backbone assigment was performed using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細	内容: Uniform (random) labeling with 13C, 15N at known labeling levels: U-95% 13C, U-98% 15N, 1 mM; NADPH 1mM, trimethoprime 1mM; 50mM phosphate buffer 溶媒系: 50 mm phosphate buffer
試料状態	イオン強度: 100 mM KCl / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	Varian Inc	6.1	collection
NMRPipe	Delaglio	1998-2001	解析
CNS	Brunger	1.1	精密化
Sparky	Goddard	3.5	データ解析
ARIA		2.0a	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: High temp (1000 K) stage: 30 ps (10000 seps), 1000 -> 0 K cooling (25 K step, 30ps trajectory on each step). 700 steps of final energy optimization.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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