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- PDB-1yg2: Structure of the Vibrio cholerae virulence activator AphA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yg2
タイトルStructure of the Vibrio cholerae virulence activator AphA
要素gene activator AphA
キーワードTRANSCRIPTION / virulence factor / vibrio cholerae / winged helix / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix Hairpins - #190 / Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Helix Hairpins - #190 / Transcription regulator PadR, C-terminal / Virulence activator alpha C-term / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Helix Hairpins / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PadR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者De Silva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.T. / Skorupski, K. / Kull, F.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the virulence gene activator AphA from Vibrio cholerae reveals it is a novel member of the winged helix transcription factor superfamily
著者: De Silva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.
履歴
登録2005年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: gene activator AphA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4531
ポリマ－20,4531
非ポリマー00
水1,60389
1
A: gene activator AphA

A: gene activator AphA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9062
ポリマ－40,9062
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16390 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.500, 94.650, 59.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221
詳細biological unit is a dimer

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要素

#1: タンパク質 gene activator AphA / hypothetical protein VC2647


分子量: 20453.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 serogroup O1 / 遺伝子: AphA / プラスミド: pWEL18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9X399
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.628 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: MES, magenesium sulphate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンNSLS X6A20.98
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2003年7月1日
ADSC QUANTUM 42CCD2004年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.981
反射解像度: 2.2→42.29 Å / Num. all: 11425 / Num. obs: 11425 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 36.1 Å2 / Rsym value: 0.063
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / Rsym value: 0.3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCデータ収集
XDSデータ削減
CNS1.1精密化
XDSデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→42.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 2458693.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 572 5 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.2331 11425 99.5 %-
all-11425 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.0045 Å2 / ksol: 0.369205 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.29 Å20 Å20 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3---6.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 0 89 1436
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 93 5 %
Rwork0.273 1752 -
obs-17406 99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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