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万見
- PDB-1yfp: STRUCTURE OF YELLOW-EMISSION VARIANT OF GFP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfp
タイトルSTRUCTURE OF YELLOW-EMISSION VARIANT OF GFP
要素YELLOW FLUORESCENT PROTEIN
キーワードLUMINESCENCE / GREEN FLUORESCENT PROTEIN / YELLOW-EMISSION VARIANT / BIOLUMINESCENCE / PHOTOACTIVE PROTEIN / FLUORESCENT TAG
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wachter, R.M. / Elsliger, M.-A. / Kallio, K. / Hanson, G.T. / Remington, S.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structural basis of spectral shifts in the yellow-emission variants of green fluorescent protein.
著者: Wachter, R.M. / Elsliger, M.A. / Kallio, K. / Hanson, G.T. / Remington, S.J.
履歴
登録1998年8月28日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999THE CHROMOPHORE CRO IS GENERATED BY AN AUTOCATALYTIC CYCLIZATION OF THE POLYPEPTIDE BACKBONE OF SER ...THE CHROMOPHORE CRO IS GENERATED BY AN AUTOCATALYTIC CYCLIZATION OF THE POLYPEPTIDE BACKBONE OF SER 65, TYR 66, GLY 67. RESIDUES SER65 under went mutation to GLY65 before cyclization.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YELLOW FLUORESCENT PROTEIN
B: YELLOW FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4202
ポリマ－51,4202
非ポリマー00
水1,838102
1
A: YELLOW FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7101
ポリマ－25,7101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YELLOW FLUORESCENT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7101
ポリマ－25,7101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.308, 117.655, 62.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99998, -0.00309, -0.00619), (-0.00319, -0.58661, 0.80986), (-0.00613, 0.80986, 0.58659)
ベクター: 98.2064, 21.138, -10.7766)

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要素

#1: タンパク質 YELLOW FLUORESCENT PROTEIN


分子量: 25709.994 Da / 分子数: 2 / 変異: S65G, V68L, S72A, Q80R, H148G, T203Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 遺伝子: GFP / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / プラスミド: PRSETB (INVITROGEN) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 (DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % / 解説: ISOMORPHOUS REPLACEMENT
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: YFP WAS CONCENTRATED TO 10 MG/ML IN 50 MM HEPES PH 7.5. ROD-SHAPED CRYSTALS WITH APPROXIMATE DIMENSIONS OF 0.8 X 0.12 X 0.03 MM WERE GROWN IN HANGING DROPS CONTAINING 5 MICROLITERS PROTEIN ...詳細: YFP WAS CONCENTRATED TO 10 MG/ML IN 50 MM HEPES PH 7.5. ROD-SHAPED CRYSTALS WITH APPROXIMATE DIMENSIONS OF 0.8 X 0.12 X 0.03 MM WERE GROWN IN HANGING DROPS CONTAINING 5 MICROLITERS PROTEIN AND 5 MICROLITERS MOTHER LIQUOR AT 15 DEGREES C AFTER 2 WEEKS. THE MOTHER LIQUOR CONTAINED 2.2 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.9., vapor diffusion - hanging drop, temperature 288K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
32.2 Msodium potassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月5日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 18916 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 4 % / % possible all: 94
反射
*PLUS
Num. measured all: 53039 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EMA

1ema


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.196 --
all-53039 -
obs-18916 92 %
溶媒の処理Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.82 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 0 102 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01336581
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.7249343.1
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.3621260
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.09981.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0135308
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.436361.5
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.045710
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.360
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.091.5
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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