[日本語] English
万見
- PDB-1yfd: Crystal structure of the Y122H mutant of ribonucleotide reductase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfd
タイトルCrystal structure of the Y122H mutant of ribonucleotide reductase R2 protein from E. coli
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 beta chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / di-iron center
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / iron ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MU-OXO-DIIRON / : / Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kolberg, M. / Logan, D.T. / Bleifuss, G. / Poetsch, S. / Sjoeberg, B.M. / Graeslund, A. / Lubitz, W. / Lassmann, G. / Lendzian, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: A new tyrosyl radical on Phe208 as ligand to the diiron center in Escherichia coli ribonucleotide reductase, mutant R2-Y122H. Combined x-ray diffraction and EPR/ENDOR studies
著者: Kolberg, M. / Logan, D.T. / Bleifuss, G. / Poetsch, S. / Sjoeberg, B.M. / Graeslund, A. / Lubitz, W. / Lassmann, G. / Lendzian, F.
履歴
登録2004年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 beta chain
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,66717
ポリマ－86,8042
非ポリマー2,86315
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-389 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.040, 84.740, 115.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 1 beta chain / Ribonucleotide reductase 1 / B2 protein / R2 protein


分子量: 43401.836 Da / 分子数: 2 / 変異: Y122H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: Expression system used in combination with a second plasmid, pGP1-2, for overexpression of R2-Y122H using heat induction of the T7 RNA polymerase
遺伝子: nrdB, ftsB / プラスミド: pTB2-Y122H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC1009
参照: UniProt: P69924, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, 0.1M MES, 0.4M NACL, 1mM EMTS, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.6 Å / Num. obs: 57178 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.233 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0000精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1PFR

1pfr


解像度: 1.9→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 3.493 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STEREOCHEMICAL DISTORTIONS reported in remark 500 ARE DUE TO THE PROXIMITY OF THESE RESIDUES TO STRONGLY DIFFRACTING MERCURY IONS IN THE CRYSTAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20601 2312 4 %RANDOM
Rwork0.17314 ---
obs0.17449 54865 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3---0.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.132 Å0.148 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5578 0 19 438 6035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.9337740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.897311874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1435679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.33924.521292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.547151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2781534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.25243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2570.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1650.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9971.54456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1751.51366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15325530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9932709
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8234.52210
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.379 155
Rwork0.337 3897

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る