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万見
- PDB-1ydi: Human Vinculin Head Domain (VH1, 1-258) in Complex with Human Alp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ydi
タイトルHuman Vinculin Head Domain (VH1, 1-258) in Complex with Human Alpha-Actinin's Vinculin-Binding Site (Residues 731-760)
要素
  • Alpha-actinin 4
  • vinculin isoform VCL
キーワードCell Adhesion / Structural Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sodium:proton antiporter activity / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / vesicle transport along actin filament / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion ...positive regulation of sodium:proton antiporter activity / regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / vesicle transport along actin filament / terminal web / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / nucleoside binding / fascia adherens / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / cell-cell contact zone / postsynaptic actin cytoskeleton / nuclear retinoic acid receptor binding / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / muscle cell development / adherens junction assembly / axon extension / Nephrin family interactions / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / cortical actin cytoskeleton / maintenance of blood-brain barrier / pseudopodium / brush border / Smooth Muscle Contraction / retinoic acid receptor signaling pathway / stress fiber / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / cell-matrix adhesion / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / morphogenesis of an epithelium / nuclear receptor binding / cell projection / adherens junction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin DNA binding / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / platelet aggregation / specific granule lumen / integrin binding / Z disc / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell junction / Platelet degranulation / protein transport / extracellular vesicle / actin cytoskeleton / actin binding / actin cytoskeleton organization / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / transmembrane transporter binding / cytoskeleton / transcription coactivator activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / cadherin binding / membrane raft / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand ...Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-actinin-4 / Vinculin / Isoform 1 of Vinculin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Izard, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Dynamics of {alpha}-Actinin-Vinculin Interactions.
著者: Bois, P.R. / Borgon, R.A. / Vonrhein, C. / Izard, T.
履歴
登録2004年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: vinculin isoform VCL
B: Alpha-actinin 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4282
ポリマ－32,4282
非ポリマー00
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.843, 54.268, 63.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 vinculin isoform VCL


分子量: 29628.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEt3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206-2, UniProt: P18206*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-actinin 4 / Non-muscle alpha-actinin 4 / F-actin cross linking protein


分子量: 2800.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43707
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 %

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.5 Å / Num. obs: 24098 / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER-TNT / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→40.42 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1192 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.181 24098 92.9 %-
all-24098 --
原子変位パラメータBiso mean: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.48 Å20 Å20.22 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3---4.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2259 0 0 466 2725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00522912
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8930942
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14.62214030
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.005702
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.013145
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.342229320
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.66 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 31 5.1 %
Rwork0.218 576 -
obs--10.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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