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- PDB-1yc9: The crystal structure of the outer membrane protein VceC from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yc9
タイトルThe crystal structure of the outer membrane protein VceC from the bacterial pathogen Vibrio cholerae at 1.8 resolution
要素multidrug resistance protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Vibrio cholerae / outer membrane protein / multidrug resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / xenobiotic transmembrane transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / cell outer membrane / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Multidrug resistance protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Federici, L. / Du, D. / Walas, F. / Matsumura, H. / Fernandez-Recio, J. / McKeegan, K.S. / Borges-Walmsley, M.I. / Luisi, B.F. / Walmsley, A.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of the outer membrane protein VCEC from the bacterial pathogen vibrio cholerae at 1.8 A resolution
著者: Federici, L. / Du, D. / Walas, F. / Matsumura, H. / Fernandez-Recio, J. / McKeegan, K.S. / Borges-Walmsley, M.I. / Luisi, B.F. / Walmsley, A.R.
履歴
登録2004年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年11月10日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: multidrug resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3784
ポリマ－47,6851
非ポリマー6943
水5,675315
1
A: multidrug resistance protein
ヘテロ分子

A: multidrug resistance protein
ヘテロ分子

A: multidrug resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,13512
ポリマ－143,0543
非ポリマー2,0819
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area16410 Å2
ΔGint-267 kcal/mol
Surface area54750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.458, 71.458, 190.702
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細Biological assembly is a trimer. Generate chain A by rotating: 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 0.0 0.0 0.0 1.0 and translating by: 0.0 0.0 0.0 Generate chain B. Rotate by: -0.5 -0.866 0.0 0.866 -0.5 0.0 0.0 0.0 1.0 Translate by: 1.0 1.0 0.0 Generate chain C. Rotate by: -0.5 0.866 0.0 -0.866 -0.5 0.0 0.0 0.0 1.0 Translate by: 0.0 1.0 0.0

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要素

#1: タンパク質 multidrug resistance protein / VceC


分子量: 47684.824 Da / 分子数: 1 / 変異: E92C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: CVD101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KS51
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, Tris, NaCl, beta-DDM, octyl-beta-glucoside, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→63.6 Å / Num. all: 53358 / Num. obs: 53358 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→63.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.508 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22119 2708 5.1 %RANDOM
Rwork0.1887 ---
all0.19038 53358 --
obs0.19038 53358 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8 Å20.9 Å20 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3----2.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→63.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3125 0 22 315 3462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213201
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7511.9434361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05536702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.8325419
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2540.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02647
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.23320
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21921
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2360.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0891.52048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93923233
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20231153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1754.51123
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.297 175
Rwork0.272 3703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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