PDB-1yc7: cAbAn33 VHH fragment against VSG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yc7

タイトル

cAbAn33 VHH fragment against VSG

要素

anti-VSG immunoglobulin heavy chain variable domain cAbAn33

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / camel antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Conrath, K. / Vincke, C. / Stijlemans, B. / Schymkowitz, J. / Wyns, L. / Muyldermans, S. / Loris, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Antigen Binding and Solubility Effects upon the Veneering of a Camel VHH in Framework-2 to Mimic a VH.
著者: Conrath, K. / Vincke, C. / Stijlemans, B. / Schymkowitz, J. / Decanniere, K. / Wyns, L. / Muyldermans, S. / Loris, R.

履歴

登録	2004年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1yc7.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1yc7.ent.gz	44.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1yc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1yc7_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1yc7_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	1yc7_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	1yc7_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/1yc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/1yc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yc8C 1yzzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2x1o-2 6xxn-8 3qxv-2 5u65-1 3qxt-2 4ggz-2 5vlv-d 3qxv-4 6xxn-6 6f0d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-VSG immunoglobulin heavy chain variable domain cAbAn33

B: anti-VSG immunoglobulin heavy chain variable domain cAbAn33

ヘテロ分子

27.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: anti-VSG immunoglobulin heavy chain variable domain cAbAn33

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: anti-VSG immunoglobulin heavy chain variable domain cAbAn33

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.993, 91.600, 82.409
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	anti-VSG immunoglobulin heavy chain variable domain cAbAn33 分子量: 13795.182 Da / 分子数: 2 / 断片: cAbAn33 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 30350899
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG-4000, ammomium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月27日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 31676 / Num. obs: 31676 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.69 % / R_merge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2802 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.212	2554	random
R_work	0.192	-	-
all	0.194	31676	-
obs	0.194	31676	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1708	0	10	282	2000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008192
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.50964

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)