PDB-1ybn: Solution structure of the 3'E topology of the i-motif tetramer of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ybn

タイトル

Solution structure of the 3'E topology of the i-motif tetramer of d(CCCCAA)

要素

5'-D(*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'

キーワード

DNA / i-motif / hemiprotonated cytidine / tetrahymena / telomer

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Esmaili, N. / Leroy, J.-L.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: i-motif solution structure and dynamics of the d(AACCCC) and d(CCCCAA) tetrahymena telomeric repeats
著者: Esmaili, N. / Leroy, J.-L.

履歴

登録	2004年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年6月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist ..._ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _struct_conn.details / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ybn.cif.gz	21 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ybn.ent.gz	14.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ybn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ybn_validation.pdf.gz	299.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ybn_full_validation.pdf.gz	303.3 KB	表示
XML形式データ	1ybn_validation.xml.gz	2 KB	表示
CIF形式データ	1ybn_validation.cif.gz	2.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/1ybn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yblC 1ybrC 294d C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3knv-d 1u68-d 6r7e-d 6tqr-3 5nqm-d 6s09-7 2gq4-d 6s09-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'

B: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'

C: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'

D: 5'-D(*CP*CP*CP*CP*AP*A)-3'

6.95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 10	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: DNA鎖	5'-D(CPCPCPCPAPA)-3' 分子量: 1738.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: i-motif with a distinct topology / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	HMBC

NMR実験の詳細

Text: standard 2 D methods

-
試料調製

詳細	内容: pH 4.5 / 溶媒系: H2O/D2O
試料状態	イオン強度: no added salt / pH: 4.5 / 圧: normal / 温度: 273 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	Brunger, A.T.	構造決定
X-PLOR	Brunger, A.T.	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 54 NOE-derived distance constraints and 12 distances constraints for H-bonding derived from proton exchange measurements

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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新型コロナ情報

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