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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ybn | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Solution structure of the 3'E topology of the i-motif tetramer of d(CCCCAA) | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / i-motif / hemiprotonated cytidine / tetrahymena / telomer | 機能・相同性 | DNA | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Esmaili, N. / Leroy, J.-L. | ![]() ![]() タイトル: i-motif solution structure and dynamics of the d(AACCCC) and d(CCCCAA) tetrahymena telomeric repeats 著者: Esmaili, N. / Leroy, J.-L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 21 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 299.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 303.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1738.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: i-motif with a distinct topology / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: standard 2 D methods |
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試料調製
詳細 | 内容: pH 4.5 / 溶媒系: H2O/D2O |
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試料状態 | イオン強度: no added salt / pH: 4.5 / 圧: normal / 温度: 273 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: 54 NOE-derived distance constraints and 12 distances constraints for H-bonding derived from proton exchange measurements | |||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum 計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |